现行征地审批办法没有体现差别化管理，不论规模大小、轻重缓急，所有项目几乎执行同样的审批程序。须经国土资源部用地审查的能源、交通、水利等基础设施项目，在经国家发展改革委等部门核准，有关部门批准立项或者确认工程建设后，一般项目工期比较紧，留给国土资源部门审查的时间并不多，有的甚至立即要求动工建设。而重点项目往往占地面积大，跨地区用地情况普遍，在基础资料准备、部门之间沟通协调、向被征地农民做工作等方面需花大量时间。如向家坝水电站建设项目整个报批程序在几乎没有补件、退件等情况下，也用了422天才完成。
在确保中小项目及时落地方面，由于实行无差别化的农用地转用和土地征收审批政策，审批时效性不高。一些民间投资、占用耕地面积较小、市场时效性很强的项目，由于必须走完所有程序，没有重点项目所拥有的政府支持，审批周期并不比重点项目短。如重庆市云阳县云开加油站项目征地审批耗时近4年，这不仅增大了行政管理成本，也使申请人错失获得最优经济效益的良机。
报件材料要求比较复杂繁琐，既有文字、图表，又有数据、图纸，还有各种证书、申请、批复文件。据不完全统计，一个完整的单独选址项目用地报件，需要提供28类46件资料，几乎涉及所有政府、职能部门和中介服务机构的相关材料都要上报，且要提供10份以上分送相关部门。如省级以上政府及国土资源部门要求提供的听证、社会保障方案等材料，仅能对其进行形式审查，根本不能保证材料的真实性，而审查后还要承担相应责任。
农用地转用和土地征收审批报件国家有统一规定，各地也有相应细化要求。但实施不了多久，认为效果不理想，又重新下发新的报件要求。要求变化频繁，让基层无所适从。由于报件资料要求较高，只有具体经办的人员清楚。如未及时对基层具体经办人员进行培训，一遇基层具体经办人员工作岗位变动，对新的要求连基层的国土资源部门都不能及时获知，国土资源部门以外的单位更不清楚，不管这种改进是否对简化报件程序和材料有利，但新要求实际上给基层国土部门和用地单位造成了“麻烦”。
