1、政策的变化引起的纠纷。(1)税改前，农民种田要交统筹款、提留款，农民的收效甚微，一些农民外出打工有了稳定的收入后，将原承包的土地转包给他人，税费等也就由新的承包人承担。可税改后，不仅税费大大减轻，而且种地农民还可拿到良种田和水稻田两种补贴，种地带来的显著利润让原承包户纷纷要求退还土地，受让人由于在土地上的投入和自己的经营计划不能实现等原因，不愿退还，或转包后看到转承包人的收益丰厚，以转包金过低或转包期限过长要求悔约，而原来的承包合同没有到期，从而引发纠纷(2)进入小城镇打工或落户的农民，见种地无益，有的将承包地抛荒，村组将其收回后重新发包，收益用于交纳统筹和提留款。
2、历史与现状的冲突引起的纠纷。(1)过去因兴办学校、乡镇企业、林场、农场而使用村组土地，这些学校或经济组织不复存在后，土地由有关部门经营，村组要求收回原被占用的土地，而这些土地因所有权与使用权不一产生纠纷;(2)土地所有权、使用权权属不明确。因为历史原因，一轮土地发包时，有的土地没有登记，有的登记与耕种的数量不一，未经登记的荒地或拾边地，逐渐被便利的农户开发种植，产生收益后引发纠纷。
3、基层组织管理混乱引起的纠纷。(1)村干部利用手中权力，不经过民主议定而私自发包给家族成员或有其他关系的农户，有的发包价格明显偏低。这样当土地收益提高，本有情绪的农民就容易因此引发纠纷。(2)利用村委会换届或集体经济组织分立或者合并，村委会负责人变更，以原职权变更、解除土地承包合同。如因承办人或负责人的变动而变更或解除承包合同，因而变更或解除承包合同等。(3)强制收回农民承包地搞土地流转，乡镇政府或村级组织出面租赁农户的承包地再进行转租或发包，假借少数服从多数强迫承包方放弃或者变更土地承包经营权而进行土地承包经营权流转等。(4)侵占承包方的土地收益。如小调整时随意提高承包费，截留、扣缴承包方土地流转收益，截留、挪用征地补偿费用等。(5)侵害妇女依法享有的土地承包经营权。如承包时对妇女实行有别于男子的歧视性土地承包政策，承包期内违法收回出嫁女承包地等。(6)征收征用土地的补偿款问题的纠纷等。
4、基层政府利用职权强行干预引发的纠纷。农村土地属于村集体所有，只有村集体才有权利处置其所有的土地，而出于部门和地方利益的考虑，行政干预和越俎代庖现象时有发生，造成违法承包引发纠纷。这种情况往往在一时发包成功的背后隐藏着许多矛盾，一旦时机成熟就会引发纠纷，且这种情况涉及的土地面积较大，处理不好很容易产生社会不稳定因素。主要包括以下类型：(1)村集体不经农户同意，将农户承包的土地擅自发包;(2)基层政府不经村集体授权，以自己的名义强行发包属于村集体的土地。
1、农民对土地的依恋，是产生纠纷的自然原因。我国是传统的农业大国，虽然地大物博，但由于人口众多，土地的总体供应充足与个体分摊的稀少是一对长期的矛盾。一方面我国有广袤的草原、耕地，另一方面，农村特别是东部农村的土地由于受到工业化的侵袭，实际可耕地面积正在日益减少，有些地方甚至无地可种，耕地较多的地方往往工业化程度较低，当地农民对土地的依赖性更强，对土地的依赖性越强，对土地的情感就越深，积淀成“田地边子不让人，老婆孩子不让人”农村历史传统，这种传统思想的沿袭，形成了农村土地纠纷的自然原因。
2、家农业政策的调整，导致农民收益的变化是产生纠纷的根本原因。改革开放农村实行联产承包责任制，在调动广大农民积极性方面所发挥的作用和取得的成效是显而易见的，正是基于这一成功，农民承包土地30年、50年不变的政策 已深入人心，但在政策执行过程中出现的新情况，国家却没有新政策调整，特别是各级政府提高征收农民各种税费标准 ，加上物价上涨等因素，农民种地无利可图，打击了农民的积极性，一部分人开始外出打工，将土地交由他人或干脆抛荒，当国家发现农村农民负担较重时，适时进行了政策调整，先是费改税，让农民重新看到了种地的希望，后来干脆免征各种税费，甚至对种地农民实行政府补贴，加上粮食价格的提高，外出务工地的农民认识到即使不出家门，土地也会给自己带来比较满意的收入，收益的变化再次使农民种地的积极性 高涨起来，对以前抛荒、转手的土地纷纷设法索要。
3、法律和政策的衔接不协调是纠纷产生的法制性根源。从1983年1月中共中央关于《当前农村经济政策的若干问题》的出台，到2003年3月《中华人民共和国农村土地承包法》、2005年7月最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》的实施，历经20余年的发展过程中，我国对农业土地承包经营中产生纠纷的解决，走过了主要依靠政策调整到以政策调整为主、法律调整为补充，再到政策调整与法律调整并重直到目前主要依靠法律调整的历程。我国多年来农村土地政策不太稳定，几经变化，而土地是不能随着人的观念的改变而随意改变的，法律、政策的多变性和灵活性与土地变动缓慢的过程性、滞后性产生矛盾。例如我国在实行家庭联产承包责任制后，曾经推广过“两田制”，即实行口粮田和责任田两种土地使用制度，而在这种制度被国家认定不利于土地的长期利用之后，很多地区却还在积极的继续施行，与国家政策和法律脱节。2003年新的《农村土地承包法》的颁布，2005年7月最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》的规定，扩大了农民的土地处分权，土地承包最低30年不变，但是因为历史原因形成的土地现状的混乱，使得法律和现实脱节，使良好的法律政策无法实际良性运行。我国法律、政策的多变性，与历史原因形成的农村土地现状混乱，国家农业政策发生了重大变化，而相关规定没有进行及时调整，与保护的价值倾向发生的了偏离，与国家的农村土地政策发生了冲突，没有回到《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国村民委员会组织法》的基本精神上来。给新问题的解决带来了不便。
5、土地流转缺乏严格的程序要件是纠纷形成的必然原因，农民承包的土地30年、50年不变的政策，《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国村民委员会组织法》也明确规定，农民承包的土地非经法定程序，集体经济组织作为发包方不得随意收回或转包，而村集体经济组织在进行土地流转时，由于法律意识淡薄或法律知识缺乏，使法定的、严肃的程序性问题流于形式，事过境迁，当有争议时，由于当初没有形成多数人认可的书面材料，往往纠纷不能调和诉至法院。
1、确定处理此类案件的价值取向。农民从不愿种地到挣抢土地，为了耕种土地不惜通过种种合法或非法的方式，原因与其归于农民不如归于政策之无形大手，因为趋利避害是生存的本能，农民在种地无利可图时选择放弃，转而外出打工另谋生路，当政策的变化让他们重新作出选择时，让他们对当初的放弃承担责任未免不公，因为政策的变化是农民选择的重要依据，不能将国家责任转嫁给个人。因此处理此类案件应本着保护原承包人，使农民不致与土地分离的宗旨。
2、充分运用行政手段，化解矛盾，创造和谐。《中华人民共和国土地管理法》第十六条规定，对土地所有权和使用争议，由当事人协商解决，协商不成由人民政府处理，当事人对政府处理不服的，向人民法院起诉。对矛盾尚未激化，特别是对那些没有法律法规和政策规定依据的承包纠纷，要从实际出发，实事求是，根据法律法规和有关政策的基本精神，以维护稳定为出发点，以维护农民合法利益为核心，由基层政府通过调解组织，民主协商，积极探索处理纠纷的方式方法，妥善化解矛盾。抓好农村土地管理。依法搞好土地的划界、规划等工作，及时办理土地确权等有关手续，确保土地颁证工作全面落实，从根本上消除土地纠纷隐患，尽快做好农村土地承包仲裁的各项完善工作，力求使土地仲裁工作成为农地纠纷最重要的解决途径。
3、着眼未来，制定对策。从法律角度讲，一方面，在处理这类案件时，应本着维护原承包人利益的原则，尽量不让农民失去土地，另一方面，处理该类案件时，应回归到《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国村民委员会组织法》的精神上来，对土地的流转过程进行严格审查，凡对于不符合以上两部法律中规定的流转行为，应认定为无效行为，对于最高人民法院《关于审理农业承包合同纠纷案件若干问题的规定(试行)》中规定的第二十五条第二款“属本条前款规定的情形，自承包合同签定之日起超过一年或者虽未超过一年，但承包人已实际做了大量的投入的对原告方要求确认该承包合同无效或者要求中止该合同的，人民法院不予支持”的情形，应认真做承包人的思想工作。其承包土地的目的无非是赢利，在对承包人予以合理的补偿后，应准予原承包人收回流转的土地，因为流转的土地一般位于农户附近，新的承包人或受让人如不退还土地，实际是无法进行正常生产经营的，即使申请法院强制执行，也会因为各种原因而效果不佳。因此，在相关法律没有完善之前，明智而现实的做法是对类似案件按前述价值观念进行协商解决。
