既然政府在土地补偿协议中支付土地补偿费的义务是行政给付义务而不是民事合同义务，因此如果政府不履行该给付义务，作为行政相对人的村集体经济组织自然应当依据行政诉讼法的规定，通过提起行政诉讼来要求政府履行。然而在实践中，虽然部分专家、学者甚至法官都承认土地补偿协议是行政行为的构成部分，但他们却认为基于这一协议发生的纠纷完全可以通过民事诉讼来解决。正是基于此种观点，部分法院审理并判决了相关案件。但不管此前已经审结案件的判决结果、执行结果和社会效果如何，本人认为，随着此类纠纷的增多以及新情况的出现，通过民事诉讼来解决土地补偿协议纠纷，不仅存在着法律上不可克服的障碍，最终导致诉讼程序的紊乱，而且也不利于农民利益的保护。详解如下：
首先，行政机关在征地协议中的给付义务，是以征地行为的合法性为前提的。如果法官依照民事诉讼只审查征地协议，就无法判断政府征地行为的合法性，而如果法官审查政府的整个征地行为，则又超出了民事审判的范围。因此，如果出现征地行为本身不合法但双方当事人都未主张协议无效的情况下(在许多案件中存在双方蓄意串通骗取国家批准或根本就未经国家批准的情况)，采用民事诉讼就会导致错误的判决，这不仅降低了诉讼效率，更有可能会导致民事判决与行政判决相互矛盾的后果。需要提醒的是，在现实中，同一地块存在多份征地协议的情况屡见不鲜，其中有相当部分是双方串通后签订的虚假补偿协议，如果通过民事诉讼审理案件，就根本无法查明协议的合法性。反过来，如果通过行政诉讼来审理此类案件，由于行政诉讼采用的是被告举证的规则，因此法院就可以依照行政诉讼的举证原则责令被告首先举证证明征地行政行为的合法性，其次再证明在办理土地批准手续时采用了哪一份征地协议，进而就补偿协议中的行政补偿标准、支付方式、支付期限等是否符合法律规定进行举证，最后再由行政机关证明其迟延或拒付土地补偿费的理由是否成立。只有通过行政诉讼这样一系列的审查，法院才能确保最终判决的合法性。
其次，采用民事诉讼不利于农民权益的保护。在现实中，行政机关不给农民征地协议、征地协议丢失等导致被征地方不能提交征地协议的情况屡有发生，如果依照民事诉讼审理此类案件，依照谁主张谁举证的原则(包括给原告限定举证期限等规定)，只要原告不能证明双方之间存在征地协议，法院可径直驳回原告起诉，这显然不利于保护农民的利益。而通过行政诉讼，由于法院责令的是由被告提交全部征用土地手续，因此这不仅可以提高诉讼的工作效率，同时也更有利于农民权益的保护。
再次，民事诉讼无法解决原告要求撤销土地补偿协议的诉讼请求。现实中，有时被征地方拒绝依照土地补偿协议领取土地补偿费，转而以土地补偿协议违法为由请求撤销该协议，在此时，法院如果依据民事诉讼的举证原则要求原告举证证明该协议存在合同法规定的可撤销事由，由于所有征地手续在被告行政机关处保存，因此原告根本无法履行相应举证义务，而如果采用行政诉讼由被告举证，只要作为行政机关的被告不能证明征地行为及土地补偿协议的合法性，法院就应撤销征地协议(即撤销行政机关的具体行政行为)。
第二、土地补偿协议纠纷案件不能适用民事诉讼的调解原则。在民事诉讼中，人民法院不仅可以主动或应当事人的请求进行调解，而且还可以出具调解书的方式予以结案。不仅如此，在调解过程中，双方当事人还可以对自己的实体权利作出自由处分。然而，这些原则在土地补偿协议纠纷中却不能适用。这是因为：第一，作为支付土地补偿费的行政机关，只能严格依据法律的规定履行或拒付土地补偿费，土地补偿协议中有关土地补偿费的数额、期限、方式等，行政机关必须严格执行，其没有任何擅自处分的权利和自由;而作为行政相对人的农村集体经济组织，其也无权无权放弃土地补偿费或变更其数额，必须依照补偿协议对补偿费予以接受并依法向村民作出分配。第二，由于土地征用及相应的补偿属于法律授权政府的行政行为，因此法院只能就该行政行为的合法性进行监督，一般对其合理性不予审查，体现在案件的判决结果上就是：人民法院要么判决行政机关履行给付职责，要么驳回原告的诉讼请求。而在民事诉讼当中，法院可以对协议中的支付时间、支付数额、支付方式进行变更，具有很大的自由裁量权(比如在支付方式上，民事中可以判决分期支付，可以用现金也可用实物，但土地补偿必须判决用现金一次性支付)。由以上两点可以看出，土地补偿协议的双方都无权对自己的权利作出实体处分，法院也不具有像民事案件那样的自由裁量权，因此此类案件就失去了调解的基础，法院更无法以调解书的方式予以结案。因此如果法院采用民事诉讼审理此类案件，一旦双方当事人要求当庭调解并要求法院以出具调解书的方式予以结案时，法院在能否出具调解书上必然左右为难，最终导致诉讼不能继续进行。
第三，民事当中有关诉讼时效和除斥期间的规定并不能完全适用于土地补偿协议。依据民法通则的规定，普通民事诉讼时效为两年，无法定事由超过诉讼时效的案件，人民法院对其诉讼请求不予支持;但是，我国对行政给付的期限或者说行政相对人要求行政机关履行给付义务的期限并无明确规定。由于土地管理部门支付土地补偿费的义务属于行政给付义务，因此即使超过2年，只要被征用人起诉行政机关履行行政给付义务，法院经过审理发现行政机关拒不履行给付义务的理由不能成立，就应判决其履行相应的给付义务。而如果依照民事的时效原则，行政机关拒付2年就免除其所承担的国家给付义务，这显然不合适。同样的道理，如果行政机关签订的土地补偿协议存在违反行政法上的可撤销事由，法院也不能以合同法规定的一年的除斥期间来限制被征用方行使撤销的权利(该撤销权实际是行政行为撤销请求权或确认行政行为违法的请求权)。由此可见，民事当中有关诉讼时效和除斥期间的规定并不能完全适用于土地补偿协议。
第四，采用民事诉讼审理此类案件的理论，在客观上导致了采用仲裁方式审理此类案件的可能性。诉讼和仲裁都是民事纠纷的解决途径，如果当事人意思表示一致，可以对这两种途径作出任意选择。因此，如果允许土地补偿协议可以通过民事诉讼来解决，自然也应允许当事人通过仲裁来解决，因此当事人可以在中国境内任意选择仲裁委员会来解决此类纠纷，但如果这样就会造成以下两种后果：首先，为行政机关通过仲裁来规避法院审查其具体行政行为提供了机会，行政机关为了规避司法监督，可以在订立征地补偿协议时在其中加入仲裁条款，作为行政相对人的村集体经济组织此时一般很难拒绝。其次，由仲裁裁决此类案件，在现实中导致了私法仲裁主体对公法执法主体的审查，进而导致了私法仲裁主体通过私法裁决约束公法执法主体的结果(比如以裁决的方式撤销征地行政补偿合同)，这势必会破坏一个国家的行政管理体制，造成整个国家行政管理体系的紊乱。
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