祁连县拥有丰富的煤、石棉、砂金等矿产资源。全县已发现各类矿产资源41种，已探明资源储量的有22种。拥有矿产地63处，其中大型矿床5处、中型矿床13处、小型矿床45处，另有各类矿点、矿化点308处。丰富的矿产资源使得祁连县经济一度辉煌，早在上世纪80年代，县财政就实现了自给自足。
但是该县矿产资源开发秩序较为混乱，表现为采富弃贫、出售原矿、破坏生态、效益低下。人们对金矿、煤炭资源乱采滥挖，严重破坏了植被。落后的生产模式使全县工业一直徘徊不前，存在着浪费资源、破坏生态等诸多问题。
经过深入调研，祁连人理出了发展新思路：要以矿产资源整合，努力提高资源开发利用的整体水平，促进绿色、协调、持续发展。为此，该县以规模选厂建设促进矿产资源整合，通过招商引资，引进大型企业，使资源开发走上正轨。
实施资源整合是推进矿业经济向产业化、规模化、集约化方向发展的必由之路。祁连县结合矿产资源赋存条件和开发的实际情况，对黑色金属、有色金属、石棉等矿产资源的开发利用作出了较为详细的规划。此后，依托资源优势和区位优势，该县遵循“集约开发、规模经营，政府引导、市场运作，统筹兼顾、公开公正，积极稳妥、稳步推进，因企制宜、因矿制宜”的原则，全面实施了矿产资源整合工作。
该县引进的青海鑫川矿业开发有限公司，先后整合了保扎湾铜矿等4个矿业权，成为野牛沟地区有色金属资源整合的主体企业，从而拥有野牛沟地区铜、铅、锌、铁等金属矿产开采企业的整合权，以及该地域未开采矿山的独家探矿权和取得合法采矿证照的优先权。青海鑫川矿业开发有限公司30万吨有色金属选矿厂在青海省祁连县野牛沟投运，是以规模选厂建设促进矿产资源整合的成功典型。
在整合过程中，祁连县通过引导选矿企业对现有矿山企业采取“参股、控股、收购、兼并”等方式，逐步形成了以选矿为龙头、以矿山为基础、以精选冶炼为主干的企业集团。该县资源整合不仅是相邻矿业权之间的简单整合，而且注重相关产业之间结构的调整升级。
资源整合使祁连县摒弃了以大量消耗资源、牺牲环境为代价的工业发展的老路子，走向了“科技含量高，经济效益好，资源消耗低，环境污染少，人力资源优势得到充分发挥”的新型工业化发展道路。通过整合，矿产资源开发实现了从粗放型向集约型转变，从无序开发向有序开发转变，使资源优势尽快转变成了经济优势；重点矿区和重要矿种的矿业权配置进一步优化，解决了大矿小开、一矿多开等问题；选矿企业规模化、集约化水平明显提高，选矿企业数量明显减少；回采率和选矿回收率显著提高；安全生产状况渐趋好转。
整合带来了新气象，两年过去了，新的发展思路已经成为现实：扎麻什、野牛沟地区30万吨有色金属选矿项目被祁连博凯矿业公司和青海鑫川矿业开发有限公司成功竞标，并对周边地区的永富矿业、保扎湾铜矿等矿山企业以收购方式进行了整合，从而使该地区有色金属选矿规模由原来的4万吨/年提升到了60万吨/年，有色金属采矿回采率由之前的不足60%提高到了85%以上。
祁连县是黑河、八宝河、托勒河的发源地，被誉为“三河之源”，生态位置极其重要。为恢复环境，祁连县开展了专项整治。实施了投资4421万元的黑河流域矿山地质环境治理项目，填坑推平，覆土种草种树，围栏保护，使1.49万亩矿坑恢复了新绿。
该县同时实施了总投资10456万元的黑河流域生态环境建设保护应急工程，先后完成草地围栏102万亩，种草16.6万亩，天然林封育10万亩，人工造林6万亩，新建防洪堤8.2公里，绿化带5060平方米。保护应急工程实施后，共治理水土流失面积134.6万亩。
2009年，祁连县在项目资金未下达情况下，安排财政贷款资金400多万元，实施了八宝河河道治理工程，对影响泄洪的险工险段进行治理，共修建堤防2.03公里，疏浚河道3.2万立方米，有效遏制了县城段河道的水土流失。
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