1.土地产权主体不清晰。中国农村的土地归农民集体所有，这在《宪法》、《民法通则》、《土地管理法》、《农业法》等重要法律中都有明确规定。但对“集体”应如何理解和界定，法律规定较为含糊不清。在《宪法》中，只是笼统规定为土地归集体所有。在《民法通则》中，界定为乡(镇)、村两级所有。在《农业法》和《土地管理法》中，则是乡(镇)、村或村内农业集体经济组织所有。可见，集体土地产权的主体有三种形式：乡(镇)农民集体经济组织、村农民集体经济组织、村内农业集体经济组织，可简称为“乡(镇)、村、组”三级。显然，在集体所有制的框架下，产权主体的模糊往往会导致各个“上级”借土地所有者的名义来侵蚀农民的土地产权，使农民在现实中缺乏充分享有自己土地权益的能力。这种“政出多门、多头管理”的土地产权主体不利于农村土地产权的稳定，农民也形不成有效的稳定的预期，因此，必然降低土地产权制度的有效性。
2.农民的土地产权残缺不全。产权不是单项权利，而是一组权利。如果产权所有者拥有排他的使用权、独享的收益权和自由的转让权，那么他拥有的产权才是完整的。如果这些权利受到了禁止、限制或侵蚀，就称为产权残缺。家庭联产承包制实现了土地所有权与使用权的分离，农户拥有土地的承包经营权，但农户的权利并不是充分和完备的。虽然中央和国务院的法规条文规定了允许农民的土地使用权可以在发包方同意的情况下依法有偿转让，但这种权利在实践中却受到了严格限制。农民的承包经营权只具有耕种权、部分收益权以及少量的处分权。由于土地权能的残缺，使承包经营者无法行使自己的权力，因而必然损害产权主体——农民的利益。
3.承包经营权的承包期不稳定，土地产权稳定性缺乏保障。一般而言，对土地所有者来说，其希望出租土地的期限越短越好;对土地经营者而言，则希望土地承包的期限越长越有利。自实行家庭联产承包制以来，国家先后规定了15年、30年不变的承包期，规定营造林地和“四荒地”治理等开发性生产的承包期可以更长，以满足农民长期保有土地的要求。为避免承包地的频繁变动，防止耕地规模不断细分，提倡承包期内实行“增人不增地，减人不减地”的办法。但在实际生产过程中，农民的土地承包期常常被打破，不断地被调整，农民失去了对土地承包的稳定预期，其直接后果是对农村土地的肥力和农业基础设施造成损害。
4.现行征地制度存在缺陷。这主要体现在：一是征地使集体土地所有权永久地变成了国家所有权，集体土地呈日益减少的趋势。按照《土地管理法》的规定，“国家对建设用地实行征地制度”，“任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地”。改革开放以来，在基础设施建设和经济建设过程中，大量农村集体土地被征为国有土地，使被征地农民永久地失去了长期耕种的土地，大大减少了集体土地的存量。二是征地范围任意扩大，为非公共利益需要大量征用农村集体土地。《土地管理法》规定，“国家为公共利益的需要，可以依法对集体所有的土地实行征用”。但对“公共利益”包括哪些具体事项没有明确，致使各种非“公共利益”项目也都要求征用集体土地，如企业生产、技术开发、政府经营城市等。非“公共利益”项目需要征用集体土地的动力，在于集体土地被征用的低成本与出让、转让国有土地高收益之间的巨大差值。三是征地补偿标准过低，没有充分考虑农民的土地权利益。国家在征地时，只按照现用途给予包括耕地补偿费、安置补偿费以及地上附着物和青苗补偿费在内的产值补偿。即便按照法律规定的最高限额即被征土地前三年平均产值的30倍计算，也无法与集体土地长期而有保障的使用权、收益权相对等。虽然近年来这一标准正陆续被突破，但仍然大大低估了农民土地的现实价值与潜在价值。四是现行征地制度忽视了土地的社会保障功能。在我国，耕地不仅是农民生产粮食等农产品、保障国家粮食安全的自然保障，而且承担着农民就业、农民生活最低保障和农村公共事业费用支出等社会保障功能。农村集体土地一旦被征用后，农民就失去了在第一产业的就业机会和基本生活保障，只能被迫转向第二、三产业就业。
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