所谓先预拨后结算管理模式，是指建设项目按照国家批准的用地数量，根据工作进度将征地补偿资金按比例分批预拨到分指挥部，分指挥部拨至各乡镇政府，乡镇政府根据征地拆迁实施具体情况将补偿资金兑付给农民，最后分指挥部再凭征地拆迁补偿兑付明细资料与建设单位办理核销预拨款的结算手续的模式。
这种管理模式最大的优点是：在工期紧、任务重的情况下，能发挥基层乡镇村干部的积极主动性，及时取得施工用地，能够有效缩短高速公路建设周期，为加快高速公路发展起了积极作用。因此，广西高速公路建设项目征地补偿费在2002年前一直沿用该模式对征地拆迁补偿费进行管理。这种管理模式运作方式如下。
1.机构设置。一般情况下，自治区交通厅就各高速公路建设项目明确自治区交通基建管理局为建设项目法人，并由其成立各高速公路工程建设办公室(或工程建设指挥部)(以下简称建设单位)，代为行使项目法人职责，具体负责组织工程建设全过程实施工作。工程沿线各市(县)为高速公路工程建设成立分指挥部、征地拆迁协调办公室或领导小组(以下简称分指挥部)。分指挥部由当地政府及国土、林业、建设、交通等有关部门选派人员组成，是代表本市(县)政府在本辖区路段开展征地拆迁工作的具体执行者，同时也是项目征地拆迁协调工作的具体组织实施部门。分指挥部除接受本市(县)政府直接领导、监督外，还接受建设单位业务指导和监督，并接受上级、审计、监察部门的检查、监督。
2.征地补偿资金拨付。征地补偿费列入项目投资概算，全部由建设单位负担。建设单位按照规定的补偿标准，根据工作进度将征地补偿资金按比例分批预拨到分指挥部，分指挥部拨至各乡镇政府，乡镇政府根据征地拆迁实施具体情况将补偿资金兑付给农民。最后分指挥部再凭征地拆迁补偿兑付明细资料，与建设单位办理核销预拨款的结算手续。
随着时间推移，这种先预拨后结算管理模式弊端逐渐显现。
1.部分地方层层挤占挪用、截留、克扣征地补偿款现象严重。有些分指挥部挪用征地补偿款来为有关部门购置汽车等固定资产、顶替政府地方应出资部分修建城镇道路或支付地方其他建设项目征地补偿款、建造办公楼等等。部分乡镇、村(或干部)挪用、截留、克扣农民应得补偿费款现象屡有发生，且屡禁不止、长期存在。
2.个别地方有关部门弄虚作假，套取征地拆迁补偿款，甚至发生贪污违法犯罪现象。个别部门、干部通过伪造征地现场原始丈量登记表、征地协议书等资料，套取、贪污国家建设资金。
3.征地拆迁补偿资金发放不规范，缺乏必要的监管。有些地方乡镇村干部自行携带大量现金到田间地头发放，补偿资金发放手续不完备，且缺乏必要的监管机制进行监管。
4.未能执行有关征地工作程序。有些地方未公告征地批准事项、征地补偿费标准和兑付安置方案，未能严格依法依规现场测量，测算结果未并经被征地集体经济组织、农户确认等。
5.核销预拨款的财务结算手续难以办理。很多分指挥部只关注征地补偿款发放，而对相关征地现场原始丈量登记表、征地协议书、补偿款发放签领表等原始单据的规范完备、保管工作重视很少，结果征地拆迁结算基础资料不齐全，很难补充完善，达不到与建设单位结算核销预拨款的条件要求，造成核销预拨款的财务结算工作长期拖延，甚至项目竣工通车后一两年都未能完成。
6.因征地补偿费兑付问题引发的群众阻工纠纷、上访事件较多，不利于形成施工现场良好氛围，不利于保持社会稳定。
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