我国相关法律、法规都没有直接规定征收温室大棚应当如何补偿。温室大棚建在农用地上，征收温室大棚就是征收农用地。《土地管理法》第四十七条规定，征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。
征收耕地的土地补偿费，为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍。征收耕地的安置补助费，按照需要安置的农业人口数计算。需要安置的农业人口数，按照被征收的耕地数量除以征地前被征收单位平均每人占有耕地的数量计算。每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征收前三年平均年产值的四至六倍。但是，每公顷被征收耕地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍。被征收土地上的附着物和青苗的补偿标准，由省、自治区、直辖市规定。
依照以上规定支付土地补偿费和安置补助费，尚不能使需要安置的农民保持原有生活水平的，经省、自治区、直辖市人民政府批准，可以增加安置补助费。但是，土地补偿费和安置补助费的总和不得超过土地被征收前三年平均年产值的三十倍。
为解决征地过程中出现的补偿标准偏低、同地不同价、随意性较大等问题，国土资源部发出了《关于开展制订征地统一年产值标准和征地区片综合地价工作的通知》。该通知明确，各地应当结合当地经济发展水平等因素制定征地区片综合地价。以年产值为基数，综合考虑地类、产值、土地区位等因素确定的区片综合地价在一定程度上缓解了征地矛盾，为大部分省市所接受，均已制定或实施了补偿标准。
征收温室大棚的补偿费用也主要包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗补偿费。从补偿的类别来看，征收温室大棚与征收普通耕地并没有什么不同。其特殊的地方就在于：地上附着物和青苗补偿费数额的多少。温室大棚用地投入的成本高，产值也高，其补偿标准理应高于征收普通耕地的补偿标准。依据《国土资源部关于切实做好征地统一年产值标准和区片综合地价公布实施工作的通知》（国土资发〔2008〕135号）要求，各省、自治区、直辖市国土资源部门要制订、完善并公布青苗和地上附着物补偿标准，与新的征地补偿标准配套实施。综上，征收温室大棚的征地补偿费中地上附着物和青苗补偿费具体标准也应依据地方部门依据当地实际依法制定的具体标准确定。
