行政机关受理行政相对人的申请后，行政程序进入审查阶段。根据法律、法规的规定，行政机关对申请材料的审查，包括形式审查和实质审查。所谓形式审查，是指行政机关仅对申请材料的形式要件是否具备进行的审查，即审查其申请材料是否齐全，是否符合法定形式。对于申请材料的真实性、合法性不作审查。所谓实质审查，是指行政机关不仅要对申请材料的要件是否具备进行审查，还要对申请材料的实质内容是否符合条件进行审查。对于申请的实质审查，有的可以采取书面审查的方式，即通过申请材料的陈述了解有关情况，进行审查，但有的实质审查还需要进行实地核查，才能确认真实情况。
本条规定，县级以上质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门应当依照行政许可法的规定，审核申请人提交的第二十七条第一项至第四项要求的相关资料。这些资料应当表明申请者具备从事食品生产经营的条件，具体包括具有与拟生产经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、包装、储存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离；具有与拟生产经营的食品品种、数量相适应的生产经营设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施；有食品专业安全技术人员、管理人员和保证食品安全的规章制度；具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成本交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物。
经审查，县级以上质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门认为行政相对人符合法律、法规规定的条件的，应当准予行政许可。行政机关作出准予行政许可的决定，需要颁发行政许可证件的，应当向申请人颁发加盖本行政机关印章的行政许可证件。行政许可证件一经行政许可机关发放即具有法律效力。行政许可证件的法律效力取决于行政许可行为的法律效力，与行政许可行为的法律效力状态及其表现一致，具有公定力、既定力、确定力、证明力和拘束力。此外，行政机关作出的准予行政许可决定，应当予以公开，公众有权查阅。
县级以上质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门对不符合规定条件的，决定不予书面许可并书面说明理由。说明理由制度是一项重要的行政程序制度，具有以下重要功能：
一是说服功能。行政机关基于民主的要求，应将行政决定的理由明白、易懂、令人信服地向行政相对人说明，可以增强公众对政府的信任感，避免对立。
二是自律功能。对于行政许可机关而言，通过说明理由，可促使其事先充分考虑行政许可决定的事实根据和法律依据，在理由充分、推理严密的情况下形成自己的判断，慎重地作出决定，避免职业性的草率，防止行政专断，促进行政机关的自我监督，从而保证行政决定的正确性。
三是保护功能。行政机关作出行政决定，特别是对行政相对人作出不利处理后，要考虑到行政相对人可能会对行政决定不服。行政相对人只有通过行政机关了解其作出该决定的理由，才能认真考虑请求行政救济的可能性，确定是否提起和如何提起行政复议或行政诉讼，从而增强对行政相对人权益的保护。
四是证明功能。对于行政复议的受理机关或者人民法院来说，通过行政决定的理由，可以了解行政机关作出该决定的动机和依据，便于对其进行审查。
五是引导作用。在行政许可决定中说明理由，还可以使行政机关在以后处理同类案件时有据可循，促成平等保护。公众也可以通过了解行政机关对特定事务在事实上和法律上的意见或态度，提高其预测的可能性，对公众的行为具有一定的引导作用。
说明理由的内容应包括事实方面的、法律方面的以及自由裁量是否符合法定目的。说明理由应当以明文方式作出，叙述时应当简洁、清楚。
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