有不少企业老总一直抱怨：大街上卖的包子蛋糕菌落总数超千万没人管，政府部门却对饮用水要求如此苛刻。
矿泉水国标过去一直对菌落总数限定严格，每毫升不得超过50个。而这正是让不少水企之头痛的指标，尤其是桶装水，在流通领域中出现菌落总数超标的事件时有发生。去年工商管理部门对我省饮用水流通领域抽检合格率只有38.3%，其中因菌落总数原因中招的企业占了相当一部分。
根据广东省工商行政管理局给出的数据显示，从2005年至2007年，因为菌落总数超标而不合格的饮用水产品批次数量逐年增高，2005年为91批次，2006年为96批次，2007年为108批次。而正因为菌落总数限定严格，致使众矿泉水企业为控制菌落总数而加大臭氧投放量，也增大了致癌物溴酸盐产生的几率。
据了解，新的矿泉水标准中增加了“溴酸盐”的指标，删除了菌落总数指标，同时增加了3项微生物指标，分别为粪链球菌、绿脓杆菌和产气荚膜杆菌。
据了解，在各国的饮用水标准中，都将微生物指标作为最重要的强制性指标。但是在WHO、美国EPA等最新标准中，细菌总数不再出现在标准之中，但是对致病菌的控制越来越严格，美国EPA2003年的标准中，把贾第鞭毛虫、病毒、隐孢子虫、军团菌等作为微生物的控制指标中。去年，118吨法国依云矿泉水因菌落总数超标被国家检验检疫局做退港处理的事件，也正是因为国际标准与国内标准的差异造成。李星慧
加林山矿泉水总经理任海滨在接受记者采访时表示，国家取消菌落总数这一指标，是基于行业的整体水平在提高，可以与国际接轨，也有利于出口贸易的正常往来，不会因双重标准而造成尴尬。景田矿泉水总经理周敬良亦认为该改动是推动了行业的进步和发展，日后行业的合格率也将随之提高。李星慧
南都名泉总经理王荐国则认为，在中国目前环境污染较严重的现状下，取消矿泉水中的菌落总数是不合适的，西方发达国家没有菌落总数的指标，是因为环保做得较好，水质优良。食品安全的标准应该越定越严，放松了只会对行业发展起反作用。同时新标准取消了菌落总数，增加了3项致病菌的指标，这也会增大企业日后的检测费用，过去检一项菌落总数只需要30多元，现在增加了这些项目的检验费用需要几百元，而增加的这些致病菌产生几率较小，除非水源及生产过程受到较严重污染。
广东省饮用水行业协会秘书长马幼骐亦表示，取消菌落总数可能造成一些小型企业的误解，认为行业门槛降低了，矿泉水容易做了，从而进行无序的竞争。
