国家赔偿法第二十条第二款规定，赔偿请求人在被要求的机关不予确认时，有权申诉。对被确认违法的义务机关则没有规定申诉权。依照《人民法院组织法》及三大诉讼法的规定，人民法院审判实行审级独立，上级人民法院对下级人民法院实行审判监督，上级人民法院作出的裁决，下级人民法院应当执行，不具有申诉权。
上级人民法院如果发现下级人民法院审理的确认案件可能有必须改判的错误，应当依照司法解释第十八条“最高人民法院对各级人民法院、上级人民法院对下级人民法院作出的确认裁定认为确有错误的，可以直接作出确认，也可以指令下级法院或者其他同级人民法院重新确认”的规定，依职权提审或指令再审。
司法解释一般不具有溯及力，但是由于现行法律及司法解释对确认案件的审理程序和确认标准没有明确规定，造成受诉法院审理依据不足。因此，在本司法解释实施前已经受理但尚未审结的案件，包括申请人对义务机关不予确认不服已经提出申诉的案件，可以参照司法解释确立的精神进行审理，但不能直接引用具体条款。施行前发生法律效力的确认案件，如果提出申诉的，应当适用以前的规定。
十一、制定司法解释第十八条“可以指令其他同级人民法院重新确认”规定的目的
司法解释第十八条主要是针对上级人民法院发现下级人民法院审理的确认案件确有错误作出的程序性规定。规定“可以指令其他同级人民法院重新确认”，主要目的是缓解上级人民法院的审判压力，有效控制矛盾上交，实行同级人民法院之间的横向监督，总结经验教训，提高审理确认案件的水平。
司法解释最初的讨论稿，将确认案件的法律文书定为决定书，因此，目前很多法院仍在用决定书。但修改中经过反复研究，决定对申请确认违法或不违法的案件使用裁定书。主要考虑是：第一，确认案件是人民法院审判工作的重要组成部分，要对原作出司法行为的事实和法律依据进行审理，确认已经作出的司法行为的合法性。判决书或裁定书是人民法院的主要审判文书。早在1997年9月，全国第二次赔偿委员会主任会议上，祝铭山副院长就明确：“确认后应当依法作出判决和裁定”。第二，司法解释除针对司法行为外，主要针对的是原作出的保全措施、执行措施的裁定。如果原裁定违法，应当予以撤销，如果使用决定书，决定书的效力低于裁定书，不能撤销原裁定书。因此，为理顺关系，强化审判功能，最终决定确认违法或不违法的案件使用裁定书，不再使用决定书。
十三、司法解释第十一条第（九）项与最高人民法院《关于民事、行政诉讼中司法赔偿若干问题的解释》第三条第（四）项的规定有矛盾，如何执行
司法解释第十三条、第十四条对审理确认案件的期限作出规定，一确期限为6个月，经过批准可以延期3个月；二确为3个月，经过批准可以延期3个月。这样规定，主要是从确认案件的实际出发，很多确认案件是比较复杂的，涉及的当事人多、金额大、法律关系复杂、案外因素较多，短期难以作出结论。鉴于法律没有规定审理确认案件的期限，最高人民法院审委会对审理期限从宽作出解释，目的是为了各级人民法院审理确认案件尽可能地在审限内审结，尽量不发生超审限问题。
为杜绝超审限不作出确认的情况，司法解释在第十四条进一步明确规定：“确认申请人对人民法院受理确认申请后，超过审理期限未作出裁决的，可以在期满后三十日内向上一级人民法院提出书面申诉。上一级人民法院应当在收到确认申诉书之日起三个月内指令下级人民法院限期作出裁定或者自行审理。”被指令再审的人民法院因原先已有最少6个月的审查期限，因此，被指令的下级法院应在收到本裁定之日起30日内作出裁定。
《规定》是最高人民法院贯彻“三个代表”重要思想，树立科学发展观，践行司法为民，保障公民、法人及其他组织的合法权益的一个重要司法解释。为此，最高人民法院专门下发了关于贯彻执行该司法解释的通知，中级以上人民法院审监庭应当认真学习，领会精神并切实贯彻执行。由于确认工作涉及审判和执行各个庭室，因此，其他庭室也应掌握《规定》的原则和内容，严格依法办事。应当指出，一个时期以来，少数法院在审判和执行等司法过程中，违法行使职权的情形严重损害了人民群众的合法权益，损害了人民法院公正司法的形象，损害了司法权威，必须引起高度重视。各级人民法院必须努力防止违法行使职权现象的发生。中级以上人民法院审监庭，应当组织培训，加强调查研究，注意总结经验，对已经发生的违法行使职权的行为依法予以确认，不断提高审理确认案件的水平。
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