对违法处罚和责任追究力度的加大被认为新条例的一大亮点。对此，环保部透露，新条例较大幅度地加重了处罚力度，提高了罚款数额，增加了对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处罚规定。“针对实践中一些企业特别是上市公司‘不怕罚款怕曝光’的情况，实行‘黑名单’制度。”环保部认为，新条例还加大对政府和环保部门的责任追究。
记者注意到，新条例有关违法的罚款规定多达近二十项。
对于未依法提交建设项目环境影响报告书(表)即擅自开工建设的三种情形，新条例规定，由所在地环保主管部门责令停止建设，可以处建设项目总投资额的百分之五以下的罚款，并可以责令恢复原状。“如果一个建设项目投资是一个亿，按百分之五以下处罚，罚款可达500万。”有法律专家表示，目前，投资额度达百亿的项目不在少数。他认为，新条例的这一处罚规定力度确实不算小。
除了这一规定外，对于建设项目被责令停止建设、停止生产或者使用、停止排污，拒不执行的，新条例做出了按日计罚和人身处罚规定，其中，人身处罚是依照新环保法第63条的规定，即可将案件移送公安机关，以及行政拘留。
未依法备案建设项目环境影响登记表的；未按排污许可相关规定申领排污许可证的；不实行排污许可管理的建设项目，配套的环境保护设施未建成、未经验收或者验收不合格的；建设单位或者竣工验收机构在竣工环保设施和措施验收中弄虚作假的；建设项目未开展环境影响后评价、未备案环境影响后评价报告或者未落实改进措施的；建设单位未公开或者未如实公开建设项目环境信息的；建设单位未及时或者未如实通过在线平台报备建设项目开工信息、投产使用信息的等，这些违反新条例规定的行为均可以处罚五万至一百万不等的罚款。
环保执法人员现查检查时常遭遇被拒，对此，新条例规定，建设单位以拒绝进入现场、拒不提供相关资料等方式不接受现场监督检查，或者在接受监督检查时弄虚作假的，在处五万元以上、二十万元以下的罚款的同时，构成违反治安管理行为的，由公安机关依法予以处罚。
值得注意的是，新条例法律责任一章还对环评机构违法处罚也做出规定，其中包括涂改、出租、出借资质证书的、在环境影响评价工作中弄虚作假，致使环境影响报告书(表)严重失实的等，如果出现这些问题，新条例规定，可吊销资质证书，并处违法所得三倍以上五倍以下的罚款。
新条例对政府及环保执法人员违法也做出了行政处分以及依法追究刑事责任的规定。
