《指导意见》提出，调整地方环境保护管理体制，主要包括三个方面。
首先，调整市县环保机构管理体制。市级环保局实行以省级环保厅(局)为主的双重管理，仍为市级政府工作部门。
省级环保厅(局)党组负责提名市级环保局局长、副局长，会同市级党委组织部门进行考察，征求市级党委意见后，提交市级党委和政府按有关规定程序办理，其中局长提交市级人大任免;市级环保局党组书记、副书记、成员，征求市级党委意见后，由省级环保厅(局)党组审批任免。
前述地方环保厅官员对21世纪经济报道记者分析，这意味着省级环保部门的人事权力的扩大，市级环保部门的党政领导任免权实际上归于省级环保部门了，在市级党政部门不过走一个法律上的程序，这表明已经部分上打破了市级环保部门在人事上的属地管理。
该官员进一步分析，这样调整之后，有利于省级环保部门在全省统一配置优秀的环保领导干部，打破了以往市级环保领导干部通常在当地产生的惯例。
同时，直辖市所属区县及省直辖县(市、区)环保局参照市级环保局实施改革。计划单列市、副省级城市环保局实行以省级环保厅(局)为主的双重管理;涉及厅级干部任免的，按照相应干部管理权限进行管理。
县级环保局调整为市级环保局的派出分局，由市级环保局直接管理，领导班子成员由市级环保局任免。开发区(高新区)等的环境保护管理体制改革方案由试点省份确定。
中科院科技战略咨询研究院副院长王毅对21世纪经济报道记者分析，县级环保局不再是县级政府工作部门，这可能意味着不再由它，而是由市级环保部门统一对所辖县环境质量负责。
其次，调整环境监察管理体制。试点省份将市县两级环保部门的环境监察职能上收，由省级环保部门统一行使，通过向市或跨市县区域派驻等形式实施环境监察。
第三，调整环境监测管理体制。本省(自治区、直辖市)及所辖各市县生态环境质量监测、调查评价和考核工作由省级环保部门统一负责，实行生态环境质量省级监测、考核。
现有市级环境监测机构调整为省级环保部门驻市环境监测机构，由省级环保部门直接管理，人员和工作经费由省级承担;领导班子成员由省级环保厅(局)任免;主要负责人任市级环保局党组成员，事先应征求市级环保局意见。
省级和驻市环境监测机构主要负责生态环境质量监测工作。直辖市所属区县环境监测机构改革方案由直辖市环保局结合实际确定。
现有县级环境监测机构主要职能调整为执法监测，随县级环保局一并上收到市级，由市级承担人员和工作经费，具体工作接受县级环保分局领导，支持配合属地环境执法。
值得注意的是，部分环境监测事权还将进一步上收到中央。与此同时，环保部正在研究制定《国家环境质量监测事权上收方案》，初步考虑在“十三五”的前三年内，通过“三步走”将国家环境质量监测网络中的环境质量国控点监测事权，上收至中央政府。
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