但是，由于我国畜禽养殖业发展缺乏必要的引导和规划，更多地是自发地、单纯地面向市场需求自由发展，导致我国畜禽养殖业布局不合理、种养脱节，部分地区养殖总量超过环境容量，加之畜禽养殖污染防治设施普遍配套不到位，大量畜禽粪便、污水等废弃物得不到有效处理并进入循环利用环节，导致环境污染。
第一次全国污染源普查数据表明，畜禽养殖业COD、总氮、总磷的排放量分别为1268万吨、106万吨和16万吨，分别占全国总排放量的41.9%、21.7%、37.7%，分别占农业源排放量的96%、38%、65%。近年的污染源普查动态更新数据显示，畜禽养殖污染物排放量在全国污染物总排放量中的占比有所上升。可见，畜禽养殖污染物减排已不容小觑，攸关国家节能减排目标的实现，攸关国家生态环境质量的整体改善。
畜禽养殖业环境问题也已经成为妨碍产业本身健康发展的重要因素。粪便、尸体、废水等废弃物处置不当，将恶化生产环境，大量病原体、高浓度恶臭气体、粉尘等，都将严重危害畜禽健康，甚至导致疫病，直接威胁生产安全，导致经济损失。
畜禽养殖造成的环境污染也常常引发社会问题，如恶臭或水污染等导致的农村地区民事纠纷，直接妨碍畜禽养殖经营活动。畜禽养殖业环境保护滞后，畜禽养殖废弃物资源的浪费，也直接妨碍产业综合效益的提高。农业要提升效益，就必须走综合利用的路子，走生态化、循环化的路子。畜禽养殖业要实现可持续发展、实现产业优化和升级，就必须搞好废弃物的综合利用，走种养结合、种养平衡的路子。为此，畜禽养殖业环境保护必须加强。
《畜禽规模养殖污染防治条例》颁布之前，我国还没有国家层面上的农业环境保护类法律法规，这是妨碍我国农业可持续发展、妨碍农业生态文明建设的根本性、制度性问题。长期以来，畜禽养殖污染防治监管无法可依，仅有的原国家环保总局2001年颁布的《畜禽养殖污染防治管理办法》效力有限，无法作为进一步强化环境监管的依据，导致畜禽养殖污染防治设施配套率低、环境管理不到位；此外，部门规章也无法协调更多力量、出台更多的政策措施推动畜禽养殖废弃物水平的提高。
为此，《畜禽规模养殖污染防治条例》以生态文明建设的精神为指导，引领现代农业、生态农业发展，推动产业发展走绿色农业、循环农业和低碳农业的路子，采取全过程管理的思路，对产业的布局选址、环评审批、污染防治配套设施建设等前置环节及对废弃物的处理方式、利用途径等环节做出了规定。
为推动综合利用成为防治畜禽养殖废弃物污染的根本手段，《畜禽规模养殖污染防治条例》还特设专章对综合利用的激励措施做出了规定，如对污染防治和废弃物综合利用设施建设进行补贴、对有机肥购买使用实施不低于化肥的补贴等优惠政策、鼓励利用废弃物生产沼气以及发电上网等。这些规定，贯彻落实了生态文明制度建设的要求，将从根本上对提高畜禽养殖废弃物综合利用水平、实现以环境保护促进产业优化和升级、促进实现畜禽养殖产业发展与环境保护的和谐统一提供有力的制度保障。
