首先，就明知从事违法食品生产经营活动，仍为其提供生产经营场所或者其他条件，使消费者的合法权益受到损害等违法行为，草案二审稿增加规定与食品生产经营者承担连带责任。
其次，草案二审稿加重对在食品中添加药品等违法行为的处罚，同时，对用非食品原料生产食品等严重违法行为的责任人增加规定拘留的处罚。
第三，草案二审稿增加规定用超过保质期的食品原料、食品添加剂生产食品等违法行为的法律责任，并明确由食品药品监督管理部门对违反本法规定的餐饮具集中消毒服务单位实施处罚。
第四，对一些条款规定的罚款幅度，草案二审稿予以了调整。
第五，草案二审稿明确被吊销食品生产经营许可证的食品生产经营者，自处罚决定作出之日起五年内不得申请食品生产经营许可。
第六，食品经营者履行了本法规定的进货查验、检验等义务，有充分证据证明其不知道所采购的食品原料不符合食品安全标准或者要求，并能如实说明其进货来源的，草案二审稿明确规定可以免于处罚，但应当依法没收其不符合食品安全标准或者要求的食品，并依法承担相应的民事责任。
第七，对生产不符合食品安全标准食品或者经营明知是不符合食品安全标准食品的惩罚性赔偿，在规定支付价款十倍或者损失三倍的赔偿金的基础上，草案二审稿增加规定：“增加赔偿的金额不足一千元的，为一千元”。同时明确食品的标签、说明书存在不影响食品安全的瑕疵的，生产经营者不承担惩罚性赔偿责任。
丛斌表示，十二届全国人大常委会第九次会议初次审议食品安全法修订草案时，有些常委会组成人员、地方建议对食品安全违法行为加重法律责任，并采取多种法律手段予以严惩。有些企业、协会提出，食品的标签、说明书存在瑕疵但不影响食品安全的，生产经营者不应承担惩罚性赔偿责任；食品经营者履行了本法规定的查验等义务，对所采购的食品不符合食品安全标准不知情，并能如实说明其进货来源的，应当免于处罚。
