保护商业秘密和采取竞业禁止措施，都是为了保护企业的利益，而且两者关系密切，但由于两者的性质不同，区别还是明显的。
（一）商业秘密是一种财产权利，竞业禁止是一种限制权利。商业秘密是一种特殊的无形的财产权，也即是知识产权。《反不正当竞争法》将商业秘密的主体称为 “权利人”，显然是将商业秘密当作一种权利对待，《刑法》将侵犯商业秘密犯罪归入到“侵犯知识产权罪”的范围中去，并将侵犯商业秘密同侵犯注册商标权、专利权、著作权并列，无疑是将商业秘密视为知识产权。而且《刑法》将商业秘密的权利人成为“所有人”，表明权利人对商业秘密可以享有所有权。
竞业禁止限制了劳动者的合法权利，由于离职员工不得从事与原企业相同或相似的行业，势必会导致员工无法利用这些谋生技能，限制了个人发展。但这并不表明竞业禁止是违法的，因为通过协议约定限制了该员工的一部分就有权，即给员工设定了一项在一定时期内不得在约定的行业范围就业的义务。从权利义务对等的原则来讲，法律是允许的。
（二）商业秘密的保护是无期限的，竞业禁止期限最高三年。《劳动法》第22条规定：劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守同一单位商业秘密的有关事项，是劳动者忠实义务的体现，即使在劳动合同终止后，按照《合同法》第92条规定的原合同义务，原职工有义务遵循信用诚实的原则保密。保密义务是一种不侵犯他人商业秘密的不作为义务。即使保密协议约定的期限届满，只要他人的商业秘密尚未丧失，并不影响保密义务的延续；那种将保密义务的期间与保密协议或者主合同的期限划等号，是不公平的，不利于商业秘密的保护。
（三）保护商业秘密可以是无条件的，竞业禁止需要支付相应的对价。保守秘密是《劳动法》、《合同法》规定劳动者的义务，属于法定义务，这种法定的不作为义务目的是防止侵犯权利人的所有权，不需要支付保密费。即使约定保密费，一方未支付费用时，保密义务人也不能以欠费为由，违反保密协议而泄密。说到底，只要商业秘密处于秘密状态，义务人就永远遵守保密义务。
由于竞业禁止员工所掌握的赖以谋生的知识、经验和技能不能发挥，极有可能不从事自己擅长的专业或所熟悉的工作，收入或生活质量降低在所难免，因此企业必须给予一定的经济补偿金。劳动部《关于企业职工流动若干问题的通知》中对补偿金明确规定：“用人单位可以规定掌握商业秘密的职工在终止或解除劳动合同后一定期限内不得自己生产与原单位有竞争关系的同类产品或经营同类业务，但用人单位应当给予该职工一定数额的经济补偿”。如果企业没有给予员工相应的经济补偿或者没有支付，则该条款就为显失公平，属于可撤销可变更的条款，一旦双方当事人为此打起官司来，该条款可能会被劳动仲裁机构或法院撤销或变更，企业就会丧失要求竞业禁止的权利；其次，竞业禁止必须慎重，约定的范围必须准确，如果任意扩大竞业禁止的范围，损害了员工的劳动权、择业权，法院就会以违法宪法权利为由，确认竞业禁止协议无效。
（四）商业秘密与竞业禁止的产生条件和举证责任不同。
商业秘密基于法律直接规定而产生，或者基于劳动合同的附随义务而产生，不管当事人是否有明示的约定，员工在职期间和离职以后，均承担保守企业商业秘密的义务；而员工的离职竞业禁止义务，是基于当事人之间的约定而产生，没有约定则没有义务。
违反保密的行为往往是以隐蔽方式进行的，企业不容易举证，诉讼的难度较大。而违反竞业禁止的行为，因为就职于竞争企业或自营竞争性业务，则是外在易见的事实，举证较易。
综上，商业秘密权的效力，完全取决于商业秘密的保密程度，一旦秘密公开即丧失。换言之，完全取决于权利人的行为，只要商业秘密处于秘密状态，义务人就要永远保密；而竞业禁止的效力，取决于约定的范围以及支付对价款的情况而定。即使协议有效，义务人最长守约期限只有三年。但义务人违反竞业禁止并不必然违反保密条款，反之，义务人解除竞业禁止重新择业，并不影响继续保守商业秘密的义务。
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