自动离职的工资，应当照常发放，如果是旷工，违反公司规章制度的，公司可以在法定范围内，扣除一部分工资，但是一定要有法律依据，因自动离职给公司造成的损失，劳动者应当赔偿。
1、《劳动合同法》第九十条规定，劳动者违反本法解除劳动合同，或者违反劳动合同约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任（目前广东省的内部仲裁规定，员工不辞而别造成损失，用人单位必须承担举证责任）。故对不辞而别的员工，用人单位有权追究其法律责任，但前提是要有员工千万损失的证据（个人觉得比较难）。
2、实际操作当中，企业如果没有及时解除劳动合同的，而且员工反悔要求继续履行劳动合同，或者要求缴纳期间的社会保险等，用人单位极有可能面临败诉的风险。单位在员工不辞而别的情况下，应积极履行通知解除劳动关系的程序，以避免可能发生的争议和风险。但现实操作过程中，有很多企业在履行解除劳动关系的时候还是没有及时，建议是在员工不辞而别的第二天马上通过ems（具有法律效力最大）的形式寄送"催告函"，然后再按照"催告函"里面约定的时间寄送解除劳动合同通知书。如果没有及时解除劳动关系，那么在员工不辞而别的期间里，企业要承担非常巨大的风险。
3、根据《劳动法》、《劳动合同法》、《广东省工资暂行支付条例》等规定，用人单位应当按照合同约定及时足额支付工资，非法克扣工资或者拖延支付的，应承担相应责任。在员工不辞而别的情况下，劳动者已提供劳动部分对应报酬不应被剥夺。若用人单位有条件支付剩余工资的，应及时足额支付，如员工的银行卡并未销毁。只有在存在工资支付障碍的前提下（例如无工资卡、无法联系本人），用人单位可以暂缓工资支付。在广东省如果克扣或者扣发工资需要承担的风险越来越大。
从风险控制角度，用人单位应当及时通知劳动者前来领取工资，若劳动者未按通知前来领取，用人单位不承担工资拖延的责任。
此外，还要加强领导与员工之间的沟通，掌握员工的心理动态，尽量减少员工自动离职的情况出现。
