1、事实劳动关系引发的劳动争议中，难以确定用人单位。有这样一个案例：李某在周某承包的某高校食堂上班，双方约定月工资为600 元，但未签订劳动合同。李某在上班时右手被机器压伤，因确认伤残性质需要，到仲裁委申请仲裁，要求确认其与该高校和周某之间的劳动关系。但周某作为个人当然不具有用工主体资格；工商行政管理部门认为周某经营的食堂是学校内设职能机构，未从事赢利活动，无须申办营业执照，因此，周某经营的食堂也不具有作为劳动关系主体资格；学校认为自己与周某之间属于房屋租赁关系，故与李某之间不构成劳动关系，如此一来，导致主体的难以确定。事实劳动关系主体难以确定的问题在建筑工地的劳动关系中尤为突出。建筑工地上的打工者大多为承包某一建筑项目的承包人聘用的劳动者，而这些承包人往往未进行工商注册或者经营的项目超出注册范围而不能成为合格的用工主体。
2、当事人举证困难。在劳动争议案件中，依《解释》第十三条规定，用人单位仅对"因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议"负举证责任，其他的事项适用"谁主张、谁举证"。劳动者主张事实劳动关系，必须证明其向用人单位提供劳动；与用人单位之间存在人身隶属关系，在用人单位获取了劳动报酬。但劳动者在企业内的弱势地位以及自身法律意识的缺乏都导致了劳动者往往不能举出对已有力的证据，因此难以凭借事实劳动关系的存在进而获得救济。
3、目前对事实劳动关系的规定中对劳动者权益的保护权利范围比较狭窄。劳动合同包括法定条款和约定条款两部分。事实劳动关系引发的争议中，劳动者往往不能证明约定条款的存在，而只能按照法定条款受补偿。有这样一个案件，一个农民到一家建筑企业打工，约定工资为每日30元，但未签订劳动合同。后发生工伤，该民工就工伤赔偿问题到劳动仲裁委申请仲裁，在确定工伤赔偿基数时，由于该民工无法举证每日30元的约定，仲裁委员会最终按临时工每日8元予以认定，最后该民工连拖欠工资及工伤赔偿总计只拿到2000元，使该民工的合法权益未能得到完全的保障。
4、基于上述情况，大量用人单位倾向于不签订书面劳动合同，在发生争议的时候抱着侥幸的心理拒不承担责任而引起仲裁和诉讼，造成社会司法资源的浪费。
