首先，新三板面临较高的非系统风险。新三板大多数挂牌公司处于初创期和发展期，公司规模偏小。小规模企业在技术、市场、财务和治理结构等方面都面临较高风险，属于非系统性风险。
这些风险主要表现在：技术风险，即技术的产业化风险和技术团队的风险；市场风险。中小型企业在买方市场环境下，对产品和服务的创新能力有较高要求，面临较大的风险；财务风险。大多数挂牌公司缺乏健康的财务管理体系，财务团队成员的基本素质不高，以及资金链可能断裂的风险；治理结构风险。挂牌公司大多没有建立起科学的决策机制，制度构建意识不够以及能力不足，缺乏建立起有效的监督约束机制，没有建立起高效的股权或期权激励机制，面临较大的公司治理结构风险。
其次，因制度安排不及时和不到位导致的流动性不足风险。此风险属于系统性风险，也是新三板最大的系统性风险。
新三板流动性不足主要表现在：挂牌公司平均融资规模较小。“股转系统”成立之后的前3年，每年每家企业平均融资规模只有七八百万元左右，相当于VC的A轮融资规模；2/3以上的挂牌公司依然不能得到资本的有效支持，能获得融资的企业占比只有20%左右；交易极度不活跃。月均换手率从2015年的0.7%降低到2016年上半年的0.47%。新三板流动性不足的深层次原因在于制度安排的不到位。
此外，投资人投机意识强烈，投机行为严重导致市场波动风险。此种风险既有制度安排不到位导致的系统性风险，也有因投资者的商业认知不足和投资专业技能不够导致的非系统性风险。
新三板是一个高成长性资本市场，目前有9000多家挂牌公司，但投资者规模(开户数)只有25万左右，投资者规模与挂牌公司规模比例失调，投资者数量明显不足。这是由目前高门槛的个人投资者准入制度决定的。
新三板的投资人须具备较强的风险识别能力和风险承受能力，因此其投资者结构应以机构投资者为主。但目前新三板机构投资者数量不足、质量不高，机构投资者中长期资金持有者的比例较低。这是由对机构投资者“一刀切”式的低市场准入门槛制度决定的。
新三板对大多数投资者而言是一个新兴资本市场，有别于交易所市场的投资策略。因市场成立的时间不长，大多数投资者对新三板的投资规律没有真正掌握，还在不断地摸索过程中，不能有效地规避投资风险。更有甚者，有的投资者投机意识强烈，对新三板投资没有正确的商业认知，投机行为严重，希望尽快在市场里赚到快钱，完全不按照“集合投资、组合投资和价值投资”的基本原则进行投资，一味地追求其发展速度和规模，没有把风险控制放在首位，操作策略与二级市场股票投资如出一辙，加大了市场波动的风险。另外，由于新三板在交易制度安排上没有涨跌幅限制，监管宽松，也加剧了市场波动。
因此，新三板市场系统性风险与非系统性风险叠加，投资者投机意识强烈，投机行为严重，投机现象盛行，是一个真正的高风险资本市场。
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