所以，招标采购单位可以视情况在采购招标文件中明确规定投标保证金的交纳方式，若是规定仅以银行汇票的方式收取投标人的保证金，而投标人仍以其他方式交纳，招标采购单位可以拒绝接收该项保证金，且可以依据上述条款的规定拒绝接收该投标人的投标文件。
招标采购单位也可以在采购招标文件中明确规定以何种方式退还未中标人的投标保证金，如规定“本账号无法取款，故不能退还现金，必须银行往来”等字样。这样，可以在退还投标保证金的过程中，在不能退还现金的情况下，避免遭受质疑，使采购程序更趋于合理化。
18号令只是规定投标保证金的数额不得超过采购概算的1%，但并没有具体的规定。在具体业务操作中，在交纳投标保证金问题上出现了多种形式，主要有以下几种方式来确定投标保证金的数额：
招标采购单位在招标文件中明确一固定数额作为交纳金额 这种方式的优点在于各投标人所交纳的金额一致，财会人员收取方便。但缺点在于在标书中明确固定数额后，精明的投标人会以这一数额和18号令中所规定的采购概算的1%作为基数，计算出这一采购项目的招标大概底价。显然，这对政府采购工作的健康发展作用是消极的。
在招标文件中明确一固定比例，由投标人自行按所投标报价的百分比例确定数额交纳 例如，有的招标文件规定按投标额的1%交纳投标保证金，这样就出现了同一标的物，由于供应商报价不同而交纳的投标保证金数额不等的情况。结果，供应商承担的风险不同，更为严重的是投标保证金的数额泄露了投标人的投标信息，对早投标的供应商是极为不利的。另外，数额不一致，不易于财会人员的收取。
也可以由投标人以年为单位交纳一定数额的投标保证金 笔者认为，这不失为一种值得推荐的收取方式。由投标人在进入供应商库的同时，交纳不少于一定数额的年费，作为一年的投标保证金，当中标时，此笔款项自动划转为履约保证金，当未中标时，也不退还，作为下一次投标的保证金。如此可以减少收、交双方诸多麻烦。
“不予退还”的投标保证金是归于采购人、采购代理机构，还是归于财政，在18号令中并没有相关的规定，对这笔款项的归属，集中采购机构在实际操作中做法也不尽相同。
笔者认为，这笔款项应归采购代理机构。作为政府采购活动的当事人之一，采购代理机构在政府采购活动中发挥了积极的作用。在代理招标采购业务过程中，受采购人或财政部门的委托，编制招标文件，招标文件以采购代理机构为主体对外发布，投标人对招标公告做出的响应和承诺也都是面向采购代理机构;提供一个平台，负责邀请专家，组织专家和采购人代表一起对采购项目进行评审，并对评审过程和双方所签订的合同作出鉴证;在合同签订后，组织专家对采购产品进行履约验收。可以说，采购代理机构全程参与了政府采购活动。同时，采购人在向代理机构委托了有关业务后，只是参与了相关的评审与验收活动，而不再介入其他的采购程序了;再者，投标保证金事项的设置也只涉及到招标代理机构与投标人之间的权利和义务关系，投标人未违约，招标代理机构就得如数、如期退还保证金，投标人违约，就依招标文件规定不予退还投标保证金。
