从一诞生就严格按照现代公司治理结构进行运营，与沪深交易所的会员制走上截然不同的一条路。
目前，证券交易所分为会员制和公司制两种。会员制交易所由会员所有，而公司制交易所由股东所有，更重要的是股东并不一定是会员。会员制交易所属互助性组织，发扬民主，实行一人一票，而公司制交易所则实行公司制，引入普通商事公司的治理结构，实行一股一票的资本多数决原则。会员制交易所通常是非营利性的，而公司制交易所以营利为目的，股东利益的最大化是交易所运营的重要目标。
在证券制度开始发展到逐渐繁荣的很长一段时间内，非营利的互助组织形式的会员制证券交易所一直占有主体的地位。在交易所经营处于垄断地位下，会员制的组织方式对市场参与者的交易成本最小，会员可通过互助组织控制服务价格。会员制交易所适应了交易非自动化的需要，由于交易大厅空间有限，不可能将交易权给予所有投资者，因此须对进入市场的资格加以限制，将交易资格分配给固定的会员或席位。
随着竞争的加剧、技术进步和会员利益的冲突已威胁到会员制交易所的生存，导致全球交易所出现了一股强劲的公司化浪潮。公司制交易所反应更迅速、服务成本更低、技术更先进，且在决策时不必担心有利益冲突的会员的抵制，不拘于现状并能有效化解监管冲突是交易所未来发展的趋势。因此，世界各国的交易所纷纷从会员所有的互助交易所变成股东所有的营利性公司，这一过程被称为证券交易所的“非互助化”。
目前，中国正在融入世界经济金融体系中，面对全球交易所的公司化浪潮，应该根据中国经济发展的实际情况，建立起更具竞争力的交易所。另外，按 “十二五”规划，事业单位未来要么转成机关要么转成公司，交易所肯定不能再转成机关，因此，未来中国交易所走公司化之路是大势所趋。
正是以上原因，新设立的“北京证券交易所”采用了公司制的组织形式，取名“全国中小企业股份转让系统有限公司”。北京证券交易所的公司化运作，将为会员制的沪深交易所改制提供一个可以遵循的国内样本，加快中国证券交易所“非互助化”改革进程。
