在长期、大量的咨询实践过程中，上海复斯管理咨询公司发现，专业所模式和综合院模式是设计院现行的两种基本组织模式。本质上，专业所模式是直线职能制组织结构在设计院的具体表现，综合院模式是事业部制组织结构在设计院的具体表现。
从资源的配置方式角度说明两种组织模式的差异，将更有助于对这两种组织模式的理解。在专业所模式下，专业生产资源按专业集中配置在各个专业所（或专业处），管理资源集中配置在院级职能部门，由院级职能部门完成对所有项目的计划管理——从编制生产计划，到组织落实、专业协调和监督检查，由各专业所（或专业处）按院生产作业计划要求完成本专业的设计生产任务；在综合院模式下，各专业生产资源按各业务类型的需要，分别分散配置到不同的二级综合院内，管理资源也根据各业务类型的需要大量配置到二级综合院中，由各二级综合院负责本院内所有项目的计划管理，并由二级综合院内的各专业生产资源完成项目生产任务。
由于两种组织模式在资源配置方式上的差异，导致这两种组织模式优缺点的差异。生产资源按专业集中配置，有利于形成各专业的规模经济，各专业的生产能力较高；管理资源分散配置到各二级综合院，从理论上说，就是对二级综合院进行管理分权和业务类型管理的专业化，即“管理分工”，如同“劳动分工”可以提高劳动效率的道理一样，管理分工可以提高管理能力，使得设计院业务管理能力（包括经营能力和生产管理能力）较高。因此，对于一个既定的设计院而言，专业所组织模式的优点在于其较高的专业生产能力，缺点在于其较低的业务管理能力；综合院组织模式的优缺点与专业所组织模式相反：业务管理能力高而专业生产能力低。
二、 “产能”上限与“管能”上限成反比例变化是造成现阶段设计院组织模式困境的根本原因
对设计院而言，实际生产能力受制于两个因素：各专业生产能力和生产管理能力（下面分别简称“产能”和“管能”）。如同“木桶原理”——木桶能装的水取决于木桶最低一块木板，设计院的实际生产能力取决于“产能”和“管能”中某个“短板”的水平。在专业所模式下，专业生产资源按专业集中配置在各个专业所，易于发挥专业生产资源的规模经济，各专业的生产能力达到最大化；但采用专业所模式，生产管理权力主要集中在院级职能部门，由院级职能部门统一负责对所有项目进行生产计划、组织落实、专业协调和监督检查。这种管理方式所蕴涵的生产管理能力在业务单一、规模较小的情况下是能够满足业务发展要求的，但随着业务的多元化以及生产规模的扩张，这种生产管理能力“较低的上限”就显露无遗，即使专业生产能力再高，但实际能够完成的生产量却受到“管能”这块“短板”的制约。
在综合院模式下，院级管理权力部分下放给各个二级综合分院，由分院负责某类业务的生产计划与监督管理。这种纵向的管理分权提高了整个院的生产管理能力，“管能”上限得到了提升。但是，采用综合院模式，生产资源按照业务类型配置到各个二级综合院，专业生产规模被破坏，相比专业所模式专业生产能力下降了。此时，“产能”却成了限制实际生产完成量的“短板”。这两种模式中，“管能上限”和“产能上限”好似“跷跷板”，两者呈现相互矛盾的反比例变化。
三、“集中计划管理的业务运行方式”是“矛盾”存在的基础
上海复斯管理咨询公司发现，在设计院原有的管理模式下，该矛盾不可能得到有效和根本解决。要解决矛盾，必须认识矛盾存在的时空范围和基础条件。专业所和综合院两种组织模式的矛盾有其内在规律，如果不了解该规律，以及该规律存在的基础，就永远走不出矛盾的死循环。
设计院这两种组织模式内在矛盾存在的基础在于，设计院传统采用的“集中计划管理的业务运行方式”。集中计划管理的业务运行方式是当前许多设计院普遍采用的业务运行方式，这是转制前设计院采用的管理模式的自然延伸。该管理模式主要是通过行政指挥系统实现的，通过行政权力进行指挥、协调和控制，整个业务运行的实现过程需要行政权力作为保障。采用综合院模式，院将部分的管理活动和管理权力分配给各个二级综合分院，提高了院整体管理能力，但各个二级综合分院要想做到指挥有效，必然要求将其所需要的资源（专业设计生产人员）纳入其行政指挥系统内，即将生产资源配置到各个二级综合分院，这样做的结果是专业生产规模经济被破坏，院的整体生产能力上限下降了；若采用专业所模式，生产管理需要由院集中统一管理，由院进行专业之间的协调、沟通，这样做，结果是无法进行管理分工，导致院的整体管理能力上限较低。因此，采用综合院模式，相比专业所模式而言，虽然管理能力上限提升了，但由于需要分散配置生产资源，专业设计生产的产能上限下降了；采用专业所模式，相比综合院模式而言，虽然专业生产能力上限提升了，但生产管理能力上限下降了。这就导致了“产能上限”和“管能上限”这对矛盾的产生。
四、建立超矩阵组织结构，解决设计院的产能问题
面对这种困境，一些设计院也作过其它尝试，但收效甚微。如实践中有些设计院将专业所模式与综合院模式相结合，构造出混合模式——即有些业务类型按专业所模式运行，有些业务类型按综合院模式运行。该模式对那些业务发展明显不均衡、有好有坏的设计院还有一定改进作用，但对于业务普遍发展较好的设计院来说，该模式不仅没能很好的解决问题，反而增加了院级生产管理的复杂性。
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