索赔金额的计算方法很多，各个工程项目都可能因具体情况不同而采用不同的方法，主要有三种。
(1)总费用法。计算出索赔工程的总费用，减去原合同报价，即得索赔金额。这种计算方法简单但不尽合理，因为实际完成工程的总费用中，
可能包括由于承包人的原因(如管理不善，材料浪费，效率太低等)所增加的费用，而这些费用是属于不该索赔的;另一方面，原合同价也可能因工程变更或单价合同中的工程量变化等原因而不能代表真正的工程成本。凡此种种原因，使得采用此法往往会引起争议，故一般不常用。
但是在某些特定条件下，当需要具体计算索赔金额很困难，甚至不可能时，则也有采用此法的。这种情况下，应具体核实已开支的实际费用，取消其不合理部分，以求接近实际情况。
(2)修正的总费用法。原则上与总费用法相同，计算对某些方面作出相应的修正，以使用结果更趋合理，修正的内容主要有：一是计算索赔金额的时期仅限于受事件影响的时段，而不是整个工期。
二是只计算在该时期内受影响项目的费用，而不是全部工作项目的费用。三是不直接采用原合同报价，而是采用在该时期内如未受事件影响而完成该项目的合理费用。根据上述修正，可比较全理地计算出索赔事件影响，而实际增加的费用。
(3)实际费用法。实际费用法即根据索赔事件所造成的损失或成本增加，按费用项目逐项进行分析、计算索赔金额的方法。
