由于高新技术人才短缺等原因，某些高新企业的人力资源部主管甚至高层领导都自觉或不自觉地陷入这样一种误区：“高新企业既然是以人为本的企业，那么，谁拥有了一流的人才，谁就有一流的企业”。但现代管理理论认为：“谁拥有了一流的人力资源结构，谁才有可能成就一流的企业”。
这是一种呈金字塔形分布的结构，高层管理者位于金字塔的顶部，中层和低层管理者则沿着塔顶向下分布。公司的经营活动按照产品研发、设计、生产、营销和财务管理等职能划分成部门。
职能型组织结构适合于传统制造业的“工、管、营”分权结构，而高新企业在创业时期的人力资源管理容易沿袭这种传统模式而陷入误区。
“麻雀虽小，五脏俱全”。根据这种模式的要求，无论企业是由几十人、还是数百人构成，都少不了要设置总经办、人力资源部、市场部、财务部和技术（工程）部。其中，总经理分工负责人力资源部和财务部的运营；副总经理负责市场部运作；总工程师负责工程技术部门的日常工作。当市场部争取到项目订单后，立刻通过总经理协调，转给总工程师所辖的工程技术部门?按用户的要求进行需求调研、规划、设计、开发、安装和调试，平时“守株待兔”的部门一下子忙乱了套，加班加点做设计方案、竞标……如遇其他项目投标、紧急的售前支持或者售后服务任务时，工程技术部门的技术支持便难以到位。为此，企业必须具有将近四分之一的工程技术人员储备。这种组织结构的缺点是：内部沟通困难——等级结构使信息沟通、民主决策和解决问题进展缓慢；外部反应迟钝——等级结构使人们强烈地忠诚于自己的部门，而不是项目或客户。这种模式显然不能满足高新企业高效运营的要求。
“在当今社会，一切都是项目，一切也将成为项目”。美国项目管理专业人员资格（ProjectManagementProfessional）认证委员会主席Paul·Grace这样断言。最近几年，高新企业涌现出了与职能式组织结构截然相反的、以项目为中心的人力资源组织结构。
这种结构是根据企业已签或待签的几个大中型项目的要求，把传统的工程技术部门分为几个相应的项目组，设立项目经理，并实行项目经理负责制。对于各个项目所需的人力资源规划和招聘事宜，本着“自下而上”的原则，由项目经理向人力资源部提交人力资源申请表，其中包括岗位需求、对应聘人员的学历、专业、知识结构、工作能力和到岗时间的要求。对骨干人员的招聘，由人力资源部配合项目经理共同面试、甄选和完成。同时，公司总经理授予项目经理辞退项目组员工的权利。这样做一方面提高了项目的运作效率，另一方面也减少了总经办、人力资源部和财务部门的管理工作量和管理人员的总数，从而真正做到“因事设岗，因岗用人；精兵简政，少人高效”，提高了高新企业的劳动生产率。
目前，世界上高新企业发达国家和地区，如美国、欧洲、澳大利亚、日本，乃至印度都采用这种组织结构。入世之后，国内一些高新企业为加强国际竞争力，也已经开始采用这种组织结构，并直接应用于项目的组织管理，收到了一定成效。如某公司在大亚湾核电站的建设中，运用项目管理组织结构和技术使得工程质量优秀、工期缩短了10天，单利息一项就节约了1000万元。
