1、原始性问题。电子档案的原始性不易判断和确认。传统纸质档案的原始性不仅其内容而且还通过载体、形式表现出来，人们可以通过字体、印迹甚至字迹、纸张制成材料对其原始性加以分析判断，而电子形式生成的由实态变为虚态的档案，已完全没有了这种“原始状态”，其生成时的状态与传输、接收中的状态完全一致，可以说既是原始的，又是复制的。
2、真实性问题。电子档案极易失真。如将纸质档案转化为电子档案的操作过程稍有失误即会导致档案信息失实；电子档案的真实性问题伴随其生命的始终，维护其真实性是一个不间断的过程，信息内容“出错”的概率和机会远高于传统档案；电子档案可被原样复制，甚至被篡改后可不留痕迹。
3、完整性问题。电子文件、电子档案内容的完整性很难保障。电子文件经常处于流动状态，如不及时捕获，可能会导致信息丢失；电子文件结构复杂，储存方式多样，容易造成信息的缺损；电子文件的背景信息伴随文件处理过程而不断累加，而且形式多样、存储分散，极易丢失，往往致使电子文件来龙去脉不清。
4、安全性问题。电子数据的易更改性为非法操作提供了便利，“黑客”攻击以及用户根据利益需求而任意取舍甚至篡改信息，都会直接损害电子档案的安全。
1、高温。有利于有害生物的繁殖，各种微生物在最适宜生长温度范围内,温每升高10℃,其生长速度可加快1-2倍，霉菌生长的最适温度一般为20-35℃。案害虫生长的最适温度为22℃-32℃。高温还可加速各种有害化学杂质对电子文件保存载体的破坏作用。一般温度在10℃以上，每升高10℃，各种化学反应会加快1－2倍。
2、高湿。潮湿有利于档案有害生物的生长和繁殖。霉菌的生长湿度一般在75%以上，档案害虫体内正常含水量大约占体重的44%－67%，这些水分的获得和保持都和环境空气湿度有关。库房潮湿还会促进空气中的有害气体、灰尘等不利因素对电子文件保存载体的破坏作用。
3、光。光向外辐射时会产生热量，这种光辐射热就会影响电子文件保存载体的耐久性。
4、空气污染。有害气体常见的有，二氧化（SO2）、化氢（H2S）、二氧化氮（NO2）、氯气（CL2）。在种种因素的作用下会生成氧化性极强的原子氧，进而产生臭氧等，导致电子档案保存载体耐久性削弱。
5、灰尘。灰尘会给电子文件保存载体带来机械损伤。灰尘多是固体，多带有棱角，在整理、保存、利用过程中，会引起灰尘对电子文件保存载体的磨擦，使其受到损伤；灰尘会增加酸、碱度。灰尘能吸收空气中的有害气体而带有酸、碱性，有些灰尘本身就带有酸、碱性，因此灰尘落在电子文件保存载体上，就会带来酸、碱性，对电子文件保存载体起腐蚀破坏作用；灰尘是传播霉菌孢子的媒介。霉菌的孢子吸附在灰尘上，随空气的流动而四处扩散。由于灰尘同时还具有酼酼吸湿性，所以也是微生物寄生与繁殖的良好场所。灰尘落在电子文件保存载体上，就有可能给电子文件保存载体带来霉变。
6、有害生物。危害档案的微生物主要是细菌和霉菌，尤其是霉菌。在档案库房中常见的霉菌约有50余种。霉菌可使电子文件保存载体变质，生成霉斑，还会分解出有机酸，从而使物酸性急剧增加。
7、磁场和电场。电磁场的干扰，会使磁性物质退磁和消磁，损坏载体上记录的信息。
8、机械应力。电子档案保存载体容易受压力、扭力、冲击力等机械力的影响。
(四)电子档案的长期可读性问题电子档案的内容是以数码形式存储于各种载体上的，在以后的利用中，必须依赖于电子计算机软硬件平台将电子档案的内容还原成人们能够直接阅读的格式进行显示。但随着科技的进步，电子计算机软硬件技术的不断更新换代，电子档案在现在形成时所依赖的技术，在未来往往是已经过时的技术。针对以上存在问题，借鉴其他地区档案工作的一些经验，提出以下一些对策建议：
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