二审法院认为：农村居民在老宅基地地翻建楼房符合法律规定精神，政府应予以鼓励，并提供方便。被上诉人迫切要求在原宅基地上建楼房属实，因种种原因未能得到批准，只好申请改建平房。被上诉人在多次要求定桩放线，有关人员推诿拒绝的情况下，擅自在批准的范围内动工建房并无过错。但被上诉人未按批准文件要求，擅自加层建楼房，手续不全。被上诉人所建房屋总面积没有超过县政府批准的面积，上诉人将被上诉人的行为视为非法占地建房行为给予处罚，没有法律依据。原审法院认定事实清楚，适用法律正确，上诉人的诉讼理由不予支持。
南通市中级人民法院根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十一条第(一)项之规定，判决如下：
本案在事实上的争议主要是：一、原告所建房屋是否在批准的四至范围以内?二、原告建造房屋占地面积是否超过了行政机关批准的用地面积?经过一审、二审法院调查认定原告所建房屋是在行政机关批准的四至范围以内，但一、二审法院没有在判决中审查说明被告的抗辩理由，即“原告所建楼房占地面积为69.47平方米，加上应拆未拆的老房占地面积为35.58平方米，实际占地面积是104.70平方米，已超过县政府批准面积。” 这是本案判决中的一个疏忽。 那么假使被告提出的证据属实，是否可以认定原告建造房屋的行为构成非法占地，进而行政机关可以作出“限期拆除加砌的楼层的处罚决定”?这里就涉及本案的主要法律问题，即原告建造房屋是否属于非法占地。我们认为，原告建造房屋已经有行政机关的发放的建房许可证，其使用土地不属于“非法”。原告没有及时拆除旧房屋，行政机关作出限期拆除老房的行政决定就可以了，没有必要决定限期拆除加改楼层。本案涉及的另外一个法律问题是行政机关批准的建房许可证是建造平房，而原告实际建造的是楼房，行政机关是否可以据此认定原告“非法占地”?[
农村居民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，如何处理?------------见正文第55页。]《土地管理法》第四十五条规定：“农村居民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，责令退还非法占用的土地，限期拆除或者没收在非法占用的土地上新建的房屋。”从本案看，原告申请建造平房是因为行政机关不批准其建造楼房，这样看来，行政机关认定原告“骗取批准”并非完全没有道理，作出“拆除擅自加砌的楼层”也并不是完全没有法律依据或“适用法律错误”。本案判决没有很充分地说明这个问题。[
