我国的资源税立法应当树立环境保护和可持续发展的理念。我们应当使资源税在原有调节资源开采企业级差收入的基础上，更好地体现资源开采的外部性成本，使外部成本内部化，提高资源开采主体实施破坏资源行为的成本;同时，对于资源开采者所发生的任何环境保护或恢复支出在计税时给予相当有利的扣减。从而，构建起“监督合理、激励有效”的资源开采和利用机制，从根本上提高资源的开采和利用效率，以此更好地实现资源税协调人与资源关系，保护和改善环境的作用，实现可持续发展的立法宗旨。
随着科学技术的进步，人类能够利用的自然资源的范围已经大大的扩展，因此理论上应扩大资源税的课税范围。同时，从世界各国资源税的征收范围看，资源税税目涉及到了矿产资源、土地资源、水资源、森林资源、草场资源以及海洋资源、地热资源、动植物资源等，显然，我国现行的资源税征收范围过于狭窄。这既不符合当今世界资源税的发展趋势，也与我国资源短缺、资源利用率低、资源严重浪费现象的现实极不相称。
因此，资源税的征收范围应尽可能包括所有应该给予保护的资源，具体税目可以根据资源分类去制定。如果考虑到有关部门目前的征收管理水平，可以先将国家目前已经立法管理的一些资源纳入其中，并将目前毁坏、浪费严重的可再生资源包括在内，如水资源、森林资源、草场资源、优质耕地资源等。对非再生性、非替代性、稀缺性资源课以重税。此外，需进一步采取例举的方法，细化税目，限制地方政府减免税的自由裁量权。
资源税从量计税，可以作为计税依据的“量”有储量、产量、销量三种。理想的资源税应以储量为计税依据，但是这种方法要求对应税资源的地质储量有准确的掌握，实践中不易操作，难度很大。而按销量计税，当产量大于销量发生积压时，这部分积压产品没有税收约束，则很可能造成损失和浪费。如按产量计税，这可以使企业开采后没有出售而积压或自用的资源也成为应税资源，能够从税收方面促使企业“以销定产”，尽可能减少资源的积压和损失，使有限的资源得到充分利用，较之按销量计税的方法，有明显的优势，更能体现保护环境、节约资源的政策意图，促使开采者从自身利益出发和市场需求出发，合理开采，杜绝损失浪费。因此，我国资源税的计税依据应改为按开采或生产应税资源的数量计税。
资源税税率的调整，既要考虑资源开发利用对生态环境的影响和资源的可持续性价值，又应考虑企业的承受能力。在充分考虑市场因素的前提下，本着“不可再生资源高于可再生资源，稀有程度大的资源高于普通资源，经济效用大的资源高于经济效用小的资源，对环境危害大的资源高于危害程度轻的资源，再培育周期长的资源高于再培育周期短的资源”的宗旨，重构税额幅度。
重构思路为：对铁、煤、石油等非再生的金属和非金属矿藏品实行定额税率与比例税率相结合的复合计税办法，即先在开采或生产环节实行定额税率从量计征，之后在销售环节根据销售价格再实行比例税率从价计征，力争使资源税反映资源的市场价值，在节约非再生资源、稀缺资源方面切实发挥作用。对其他资源则仍采用定额税率，统一在开采或生产环节从量计征。另外，对所有应税资源普遍调高单位税额或税率，适当拉大税档之间差距。通过提高税负强化国家对自然资源的保护与管理，防止资源的乱采滥用。
同时，要提高税率的弹性和差别性，以资源回采率和环境修复率指标作为确定税率的重要参考指标。将税率与资源回采率和环境修复情况挂钩，按资源回采率和环境修复指标确定相应的税收标准，资源开采率越低，环境修复程度越差，资源税率就越高。此外，还要在资源开采企业发展的不同时期和状况、不同开采率，以及资源产品价格的不同时期适当调节资源税率，为资源开采企业的发展提供一个适度的制度空间。
税务机关应根据资源税的特点，建立健全对应税税目进行有效征收、管理、监督、检查的机制，增强征管力度，提高征管水平，保证税收收入按时、足额入库。
同时，税务机关要加强同工商、环境保护等相关部门的协调和沟通，及时掌握纳税人纳税信息的变动，提高工作的针对性和有效性。此外，税务机关要加强对纳税人纳税意识的培养，协助其做好纳税工作，以避免偷漏税现象的发生。
制定必要的鼓励资源回收利用、开发利用替代资源的税收优惠政策，以提高资源循环可再生的利用率，使资源税真正成为发挥生态环境保护功能的税种。
此外，适当调整消费税、关税、企业所得税等相关机制，以协调发挥资源保护效应。如在消费税中，可根据产品造成污染的程度进行课税，对高污染、高消耗的产品征收较高的消费税，对低消耗、无污染产品征收较低的消费税;在所得税中，对属于环保产业的企业实行税收优惠，允许清洁能源企业、环境治理企业和环保示范工程加速折旧;如在关税中对木材、竹材等环境敏感产品征收较高的出口关税，以限制其出口;相反，对进口有助于环保的材料、设备或其它货物可以采取较的低关税税率。
