企业要清醒认识到，由于“稽便函[2011]31号”文件对两类必查发票明确规定了具体的检查方法，即对一定金额以上的必查发票“要逐笔进行查验比对，通过对资金、货物等流向和发票信息的审核分析，重点检查其业务的真实性”，对费用类必查发票“要逐笔进行查验比对，重点检查企业是否存在利用虚假发票及其他不合法凭证虚构业务项目、虚列成本费用等问题。”对这两条规定，同样作三点风险提示：
一是相关企业要充分认识到税务部门今后对发票的检查已不再局限于以往传统的“就票查票”。
“稽便函[2011]31号”文件不仅规定了采取“逐笔进行查验比对”最严格的检查手段，而且还要“通过对资金、货物等流向和发票信息的审核分析”印证检查的方法来查证发票的“真实性”。也就是说，今后对销售业务的检查，不仅会以企业账面应该具备的记账要件为依据，而且检查人员还可能通过对资金、货物的流向，通过与对方购货单位的“查验比对”进行认证。因此，企业即使开具了销售发票，但有没有真正发货，有没有收到货款，对方单位有没有货物入库并付款等问题，检查人员都可能跟踪追击并查验比对。在这种相互印证和刨根问底的检查方式下，虚开、多开等弄虚作假的问题将会立马原形毕露。税务部门的这种升级版的发票检查方法，再次提醒企业今后再也不能利用发票，特别是“必查发票”进行偷税漏税、徇私舞弊。
二是企业所使用的发票都必须以实际发生的经济业务为基础。一方面对外开具“一定金额以上”发票时，一定要以实际发生的销售业务为前提，不能为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；另一方面，对经常从外部以‘会议费’、‘餐费’、‘办公用品’、‘佣金’和各类手续费等名义开具发票的企业而言，尽管“稽便函[2011]31号”文件没有明确对这些费用发票的检查标准，税务机关也不可能就每一笔金额很小的上述各项费用的发票都进行检查。但不可否认的是，上述费用的发票肯定会作为今后税务机关的必查内容。
此外，企业也要认识到，不能为了回避大金额费用发票被查而化整为零去开具发票，因为一旦税务机关发现同一个单位开出多张小金额的甚至连号的发票，反而会对接受发票的企业重点检查。
三是发票入账时务必加强对经济业务真实性的审核。尽管“稽便函[2011]31号”没有明确这方面的要求，但随着发票检查严格程度的提升，企业在记账时如果没有把好第一道关，存在证明经济业务成立的资料不全、不清晰、不正确等问题，日后就会存在被查风险。因此，企业记账人员在受理相关发票时，要严格认真地审核相关发票所反映经济业务发生和成立的原始凭证及相关资料，从发票业务发生的合规性、合法性及真实性等方面进行初步审核，确保从会计核算及企业内控的角度满足对相关记账依据的要求。
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