以自有货车从事货物运输业务的生产企业，在纳税筹划中，最容易发生的是混淆兼营和混合销售的界限，仅从税负的高低考虑，将销售本企业产品时发生的运输费用从货物销售收入中分割出去，按兼营方式分别核算销售额，将运输费用按营业税应税劳务申报缴纳。这样做不仅达不到降低税负的目的，反而会造成纳税风险。因为以自有车辆运输本企业销售货物的行为，属于混合销售业务，而非兼营业务，其运输环节的收入不论是否单独核算，都应并入货物销售额中缴纳增值税。
此外，虽然企业有兼营运输业务的项目，但与货物购买方仅签订一份包括运输收入的产品销售合同，在进行会计账务处理时，人为地将货物销售额扣除一部分，作为运输收入单独核算缴纳营业税，这样做也会形成纳税风险。税务机关往往会将其视为混合销售，要求缴纳增值税。
首先，从整体收益角度考虑是否需要成立独立的运输公司。
生产企业自有车辆，为避免混合销售业务缴纳增值税，可以根据运输车辆的多少及运输业务的大小，从整体收益角度进行论证，看是否可以通过设立运输公司节税。如果生产企业将自有车辆单独成立运输公司，生产公司销售货物指定该运输公司负责，生产公司与运输公司签订货物运输合同，与购货单位签订购销合同。这样，运输公司只需缴纳3％的营业税，而生产企业则可抵扣运输费7％的增值税，企业可节税4％。若不设立运输公司，车辆的物耗则作增值税扣除。假设车辆可抵扣物耗金额为m，则物耗可抵扣税金为17％m，设销售额为n，扣税平衡点为m＝4％n÷17％＝23.53％n，而n＜23.53％n时，设立运输公司则有节税空间。
一般情况下，当自有车辆可抵扣的物耗大于23.53％时，自有车辆无需独立；若自有车辆可抵扣的物耗小于23.53％时，可以考虑成立运输公司。但成立运输公司会有各种费用发生，如开办费、人工费等。所以，就生产企业来讲，是否以自有车辆设立运输公司，要看运输业务量，特别要计算对内的运输业务所产生的节税收益，是否能保证运输公司的基本费用开支。
如某企业为增值税的一般纳税人，主要生产并销售大米。2002年，为节省运输成本，公司购置了一批车辆。当年公司销售额为5000万元（不含税），在销售大米的过程中，产生的运输费用为500万元。会计主管为节省税金，将运输业务视为兼营业务进行独立核算，缴纳营业税。而该企业本年度增值税进项税额为455万元，其中运输车辆物耗可抵扣税金为30万元。
该企业计算本年度应纳流转税为：
5000×13％－455－500×3％＝210（万元）。
根据以上的分析，该企业对应纳税金正确的计算方法为：（5000＋500／1.13）×13％－455＝252.5（万元）从节税考虑，该企业应成立运输公司，独立核算。
企业应纳增值税为：5000×13％－（455－30＋500×7％）＝190（万元）。
运输公司应纳营业税为：500×3％＝15（万元）。
以上方案共缴纳税金205万元，比企业不成立运输公司的情况下少缴税金47.5万元。这主要就是车辆可抵扣物耗金额176万元，所占销售额的比例远远小于23.53％，从支付运输方式的角度对运输业务进行筹划。
企业无自有车辆，请外面的运输公司运输货物，这类业务的付费方式分为支付运费或代购货方垫付运费两种形式。如果要降低税负，可以采用代垫运费的方式。企业以正常的产品价格与购货方签订产品购销合同，并商定，运输公司的运输发票直接开给购货方，并由企业将该发票转交给购货方，企业为购货方代垫运费。此外，与运输公司签订代办运输合同，企业在货物运到后向运输公司支付代垫运费。这样，企业就可以节省运费收入10％的税金。
如某生产水泥的企业（增值税的一般纳税人）与购货方签订销售合同，水泥以280元／吨卖给购货方（包含35元／吨运输费用）。该企业每年销售水泥10万吨。该企业没有运输车辆，请运输公司以35元／吨的价格运送。企业进项税额为180万元（不含运输发票可抵扣的进项税额）。
按这种方式，企业应纳增值税为：100000×280×17％－（1800000＋100000×35×7％）＝271.5（万元）。
如果企业和运输公司以代垫运费的方式签订运输合同，每吨价格为35元，同时对原销售合同进行修改，将代垫运费从销售价格中分离出来，水泥每吨价格从280元降为245元。这样处理后，企业整体利润并未减少，却可节约税金35万元。
