税法对于企业合并规定了两种不同的税务处理方法。习惯上被称为“应税合并重组”和“免税合并重组”。前者适用于所有的合并类型，税务处理上要求对被并企业转移的整体资产视同销售计缴所得税，合并企业并人该部分资产的计税成本可以其评估确认值为基础确定。被并企业的未弥补亏损不得结转至合并企业弥补；后者则只有在合并企业的非股权支付额不高于所支付的股权票面价值20%的情况下（通常理解为换股合并），才能向税务机关申请执行。税务处理上，对被并企业因合并而转移的整体资产不作视同销售处理，不交财产转让所得税，合并企业并人该部分资产的计税成本以合并前的账面价值为基础确定。两种处理方法在资产困转让收益的确认、亏损弥补等方面存在的差异为合并各方利用不同税务处理方法的选择进行所得税筹划提供了空间。而进行这一筹划的前提是合并企业具有采取换股合并方式的可能性，因为只有换股合并才拥有选择采用应税合并或免税合并方法的权利。如果由于被并方股东的风险偏好等原因使得合并只能通过现金收购等非换股合并方式进行，那么也就无法进行纳税处理方法选择的筹划了。
税务处理方法选择的筹划体现在两个方面，一是选择产权交换的支付方式；二是在支付方式满足免税合并要求的前提下，选择税务处理方式。前一种选择不是单纯的税务筹划，它可能受制于合并方的财务状况、现金流量以及被并企业股东的风险厌恶程度等因素，但它也离不开对涉税因素的分析；而后一种选择则是完全出于对税收因素的考虑。无论是哪一种决策。都需要对不同税务处理方法下合并企业的税负乃至相关损益的现值进行比较。在比较时，主要从以下两个着眼点人手。
（一）被并企业的亏损弥补。在我国，相当多的被并企业都是由于连年亏损、濒临破产而被优势企业兼并的，能否利用这些被并企业的未弥补亏损是税务筹划必须考虑的问题。根据税法的相关规定，在应税合并方法下，被并企业以前年度的亏损可用于抵补被并企业转让整体资产的财产转让所得，但未弥补完的亏损不得结转到合并企业弥补；而在免税合并方法下，被并企业以前年度的亏损如果未超过法定弥补期限，就可以由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被并企业资产相关的所得弥补。当被并企业存在有效的未弥补亏损，而不存在财产转让所得时，选择免税合并可以将未弥补亏损结转到合并企业弥补，对合并企业较为有利。当被并企业存在即将超过法定弥补期限的未弥补亏损，而被并企业存在财产转让所得时，若选择免税合并，会因为超过补亏期限而使被并企业的未弥补亏损丧失抵税作用，而如果选择应税合并，则亏损额可用于弥补被并企业的财产转让所得，故此时选择应税合并较为有利。当企业的未弥补亏损既可用于弥补被并企业的财产转让所得，又可用于弥补合并后企业的应纳税所得额时，就需要比较弥补财产转让所得带来的抵税收益与弥补合并后企业所得带来的抵税收益的现值，哪一个数值高，则说明与它对应的税务处理方法从弥补亏损的角度考虑是比较有利的。在这里之所以需要计算现值，是因为财产转让所得的亏损弥补发生在合并时点，而合并后企业所得的亏损弥补则可能在合并后的几年内陆续发生，所以需要根据货币时间价值原理计算其现值方可进行比较。
还有一点值得注意，即我们的筹划是站在合并双方这个整体的角度来考虑的，比较的是不同方案下合并双方总的税收负担，以总体税务最小化或涉税利益最大化作为判断标准，这是基于合并双方都是理性经济人的假设，即合并的任何一方都在为自己的经济利益打算，都希望减轻自己的税收负担。因此，不降低双方的税负总额，而只是通过增加某一方的税负而降低另一方税负的筹划方案肯定会遭到税负增加一方的反对，而企业合并只有在合并双方达成一致时才可以进行，所以这种筹划是很难实现的。只有使合并双方的税负总额降低的方案才具有现实上的可行性，至于税负降低带来的利益，合并双方可以通过收购价格的调整来分享。
（二）被并企业全部资产转让所得的确认。在应税合并方法下，被并企业按全部资产公允价值与原计税成本的差额计缴财产转让所得税，而在免税合并方法下，被并企业不确认这一转让所得。但这并不意味着免税合并可以带来税负的绝对降低，这是因为，在应税合并下，合并企业接受被并企业资产的计税成本可按评估确认值确定，而在免税合并方法下，则只能按原计税成本确定，这样一来，虽然免税合并豁免了被并企业合并时点的财产转让所得税，但合并企业在以后对企业进行折旧、摊销或结转成本时，这些所得会重新体现出来。所以说，免税合并只是递延了被并企业全部资产的评估增值部分应纳的所得税，赢得了这部分税款的货币时间价值。另外需要注意的是，如果存在合并商誉，由于税法规定应税合并中确认的商誉不能摊销，因此免税合并可以带来数额上相当于合并商誉乘以被并企业所得税率的绝对节约额。可以看出，当收购价款高于被并企业净资产原计税成本时，从资产转让所得税的角度考虑，免税合并较为有利。
我们还需要将以上两大方面的税负影响进行综合分析，分别计算出两种税务处理方法下，由被并企业亏损弥补和资产转让所得确认两个因素带来的税负影响数现值的总和，从而选择能使合并各方税负总额最小的税务处理方法。带来其股权的进一步稀释，而被并企业债权人会担心其财务风险增加。不过债转股能给合并企业带来亏损抵税上的好处，而只要合并后企业效益良好，原被并企业债权人完全可以通过转让其持有的合并后企业的股权来实现其原债权的收回。因此，只要合并各方当事人认为筹划收益大于风险，这种通过债转股实现补亏限额增加的方案就具有可行性。
