由于纳税筹划经常是在税法规定性的边缘操作，其风险无时不在。所谓纳税筹划的风险是指纳税筹划活动因各种原因失败而付出的代价。由于纳税筹划经常在税法规定性的边缘操作，而纳税筹划的根本目的在于使纳税人实现税后利益最大化，这必然蕴涵着较大的风险。因此中小企业在进行纳税筹划时一定要树立风险意识，认真分析各种可能导致风险的因素，积极采取有效措施，预防和减少风险，避免落入偷税漏税的陷阱，从而实现纳税筹划的目的。
风险其一，纳税筹划基础不稳。纳税筹划基础是指企业的管理决策层和相关人员对纳税筹划的认识程度，企业的会计核算和财务管理水平，企业涉税诚信等方面的基础条件。如果中小企业管理决策层对纳税筹划不了解、不重视，甚至认为纳税筹划就是搞关系、找路子、钻空子少纳税或是企业会计核算不健全，账证不完整，会计信息严重失真，造成纳税筹划基础极不稳固，在这样的基础上进行纳税筹划，其风险性极强。这是中小企业进行纳税筹划最主要的风险。
其二，税收政策变化导致的风险。随着市场经济的发展变化，国家产业政策和经济结构的调整，税收政策总是要作出相应的变更，以适应国民经济的发展。因此，国家税收政策具有不定期或相对较短的时效性。纳税筹划是事前筹划，每一项纳税筹划从最初的项目选择到最终获得成功都需要一个过程，而在此期间，如果税收政策发生变化，就有可能使得依据原税收政策设计的纳税筹划方案，由合法方案变成不合法方案，或由合理方案变成不合理方案，从而导致纳税筹划的风险。
其三，税务行政执法不规范导致的风险。纳税筹划与避税本质上的区别在于它是合法的，是符合立法者意图的，但现实中这种合法性还需要税务行政执法部门的确认。在确认过程中，客观上存在由于税务行政执法不规范从而导致纳税筹划失败的风险。因为无论哪一种税，税法都在纳税范围上，都留有一定的弹性空间，只要税法未明确的行为，税务机关就有权根据自身判断认定是否为应纳税行为，加上税务行政执法人员的素质参差不齐和其他因素影响，税收政策执行偏差的可能性是客观存在的，其结果是：企业合法的纳税筹划行为，可能由于税务行政执法偏差导致纳税筹划方案成为一纸空文，或被认为是恶意避税或偷税行为而加以处罚；或将企业本属于明显违反税法的纳税筹划行为暂且放任不管，使企业对纳税筹划产生错觉，为以后产生更大的纳税筹划风险埋下隐患。
其四、纳税筹划目的不明确导致的风险。纳税筹划活动是企业财务管理活动的一个组成部分，税后利润最大化也只是纳税筹划的阶段性目标，而实现纳税人的企业价值最大化才是它的最终目标。因此纳税筹划要服务于企业财务管理的目标，为实现企业战略管理目标服务。如果企业纳税筹划方法不符合生产经营的客观要求，税负抑减效应行之过度而扰乱了企业正常的经营理财秩序，那么将导致企业内在经营机制的紊乱，最终将招致企业更大的潜在损失风险的发生。
纳税筹划的风险是客观存在的，但也是可以防范和控制的。就中小企业纳税筹划而言，防范风险主要应从以下几个方面着手：
第一、正确认识纳税筹划，规范会计核算基础工作。中小企业经营决策层必须树立依法纳税的理念，这是成功开展纳税筹划的前提：依法设立完整规范的财务会计账册、凭证、报表和正确进行会计处理是企业进行纳税筹划的基本前提。纳税筹划是否合法。首先必须通过纳税检查，而检查的依据就是企业的会计凭证和记录。因此，中小企业应依法取得和保全企业的会计凭证和记录、规范会计基础工作，为提高纳税筹划的效果，提供可靠的依据。
第二、树立敏感的风险意识，紧密关注税收政策的变化和调整。由于企业经营环境的多变型、复杂性，且常常有不确定事件发生，纳税筹划的风险无时不在，因此，中小企业在实施纳税筹划时，应充分考虑筹划方案的风险，然后再作出决策。税法常常随经济情况变化或为配合政策的需要，而不断修正和完善，其修正次数较其他法律规范更频繁。中小企业在进行纳税筹划时，应充分利用现代先进的计算机网络和报刊等多种媒体，建立一套适合自身特点的纳税筹划信息系统，收集和整理与企业经营相关的税收政策及其变动情况，及时掌握税收政策变化对企业涉税事件的影响，准确把握立法宗旨，适时调整纳税筹划方案，确保企业的纳税筹划行为在税收法律的范围内实施。
第三、营造良好的税企关系。在现代市场经济条件下，税收具有财政收入职能和经济调控职能。政府为了鼓励纳税人按自己的意图行事，已经把实施税收差别政策作为调整产业结构，扩大就业机会，刺激国民经济增长的重要手段。制定不同类型的且具有相当大弹性空间的税收政策、而且由于各地具体的税收征管方式不同，税务执法机关拥有较大的自由裁量权。因此，中小企业要加强对税务机关工作程序的了解，加强联系和沟通，争取在税法的理解上与税务机关取得一致，特别在某些模糊和新生事物上的处理得到税务机关和征税人的认可。
第四、贯彻成本效益原则，实现企业整体效益最大化。中小企业在选择纳税筹划方案时。必须遵循成本效益原则，才能保证纳税筹划目标的实现，任何一项筹划方案的实施，纳税人在获取部分税收利益的同时，必然会为实施该方案付出纳税筹划成本，只有在充分考虑筹划方案中的隐含成本的条件下，且当纳税筹划成本，小于所得的收益时，该项纳税筹划方案才是合理的和可以接受的。企业进行纳税筹划，不能仅盯住个别税种的税负高低，要着眼于整体税负的轻重。一项成功的纳税筹划方案必然是多种税收方案的优化选择的结果，优化选择的标准不是税收负担最小而是在税收负担相对较小的情况下，企业整体利益最大。另外，在选择纳税筹划方案时，不能把眼光仅盯在某一时期纳税最少的方案上，而应考虑服从企业的长期发展战略，选择能实现企业整体效益最大化的纳税筹划方案。
第五、借助“外脑”，提高纳税筹划的成功率。纳税筹划是一项高层次的理财活动和系统工程，要求筹划人员不仅要精通税法和会计，而且还要通晓投资、金融、贸易、物流等专业知识，专业性较强，需要专门的筹划人员来操作。中小企业由于专业和经验的限制，不一定能独立完成。因此，对于那些自身不能胜任的项目，应该聘请纳税筹划专家（如注册税务师）来进行，以提高纳税筹划的规范性和合理性，完成纳税筹划方案的制定和实施，从而进一步减少纳税筹划的风险。
纳税筹划要达到的最终目标，就是要在一定的税负条件下，追求税后利润最大化，实现既定的财务目标和最大的经济利益。中小企业是以赢利为目的的组织，其出发点和归宿就是赢利。
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