企业所得税方面，在新《企业所得税法》实施前，企业实行计税工资制度，超过计税工资标准支付给员工的工资、薪金，不能在税前扣除，企业需要多缴纳企业所得税。而按当时的税收政策规定，企业年金中企业缴费部分，不超过规定比例的可税前扣除。换句话说，通过建立企业年金制度，企业把支付给员工的一部分工资、薪金转化成企业年金形式，可以少缴企业所得税。
个人所得税方面，不少地区税务机关由于征管不到位，没有严格执行《关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税〔2006〕10号，以下简称10号文件）的有关规定，企业年金中企业缴费部分企业没有代扣代缴个人所得税，个人缴费部分在税前扣除，使企业年金实际上享受了免税优惠。
前几年，企业年金作为既能提高员工收入，又能有效避税的工具，在效益好的企业，特别是国有企业中大行其道。但是，随着日前国家税务总局下发《关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（以下简称《通知》），企业年金税收漏洞被封堵，通过企业年金避税已无空间。
在《通知》出台以前，企业年金个人所得税征收管理主要执行的是10号文件的有关规定。该文件规定，企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金所得，计征个人所得税。按照此项规定，无论是企业还是个人缴付的补充养老保险即企业年金，都要并入个人当期的工资、薪金所得，计征个人所得税。
《通知》改变了企业年金个人所得税的计算方法。《通知》明确规定：企业年金的企业缴费计入个人账户的部分是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金所得（不与正常工资、薪金所得合并），不扣除任何费用，按照工资、薪金所得项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。
归纳起来，如果严格执行有关政策，前后变化在于企业缴费计税时从当期工资、薪金所得中独立出来。举例说明：某企业员工每月工资、薪金所得10000元，年金账户中个人部分自行用个人税后工薪缴费150元，企业缴费600元。按照以前的规定，应纳税所得额为8600元（10000+600-2000），应纳所得税额为1345元（8600×20%-375）。
而按照《通知》的规定，应纳税款应分为两部分计算，第一部分是月工资薪金所得，应纳个人所得税为1225元[（10000-2000）×20%-375]；第二部分是企业缴费部分，不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税为35元（600×10%-25），应纳税额合计为1260元（1225+35）。
《通知》要求，企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除。举例说明：某企业职工年金账户中每月个人缴费100元、企业缴费400元。按照《通知》规定，个人缴费的100元不得在工薪所得税前扣除，属于个人税后工薪的缴费。
有些企业在年金账户中企业缴费部分是按季度、半年或全年来缴费。对此，《通知》明确规定，对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。
纳税人应关注此项规定，要根据缴款金额大小和个人所得税工资薪金所得累进税率的特点，确定缴款周期，以降低税收负担。以企业每月为员工年金账户缴费500元为例，如果每月缴费，就可以按5%的税率计算缴税，年应纳税额为300元（500×12×5%）；如果按季度缴费，年应纳税额为500元[（500×3×10%-25）×4]；如果按半年缴纳企业缴费，年应纳税额为650元[（500×6×15%-125）×2]；如果按年度缴纳企业缴费，年应纳税额为775元（500×12×15%-125）。
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