有关“双薪制”的计税方法，《国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的批复》(国税函〔2002〕629号)规定单独作为1个月的工资、薪金所得计算缴纳个人所得税，原则上不再扣除费用。国家税务总局于2009年8月17日发出了《关于明确个人所得税若干政策执行问题的通知》，规定上述计税方法停止执行。上述规定废止后，在进行第13个月工资的税务规划时就有两种方案可供选择：
某职工第12个月的工资是5000元，第13个月的工资也是5000元，则当月工资、薪金总额为10000元。
该职工当月应纳个人所得税=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数=(10000-2000)×20%-375=1225(元)。
工资、薪金所得项目税率表规定：全月应纳税所得额超过2000元至5000元的部分，税率为15%;全月应纳税所得额超过5000元至20000元的部分，税率为20%。
分开计税，第12个月工资、薪金所得的应纳税所得额=5000-2000=3000(元)，适用税率为15%;第13个月工资、薪金所得的应纳税所得额=5000-0=5000(元)，适用税率也为15%。
合并计税，工资、薪金所得的应纳税所得额=10000-2000=8000(元)，适用税率则为20%。因此合并计税有可能导致工资、薪金所得的应纳税所得额跨越适用税率的临界值，使工资、薪金所得的适用税率提高，从而相应增加个人所得税税额。
对个人取得全年一次性奖金(包括年终加薪、实行年薪制和绩效工资办法的单位根据考核情况兑现的年薪和绩效工资)的计税方法，《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》(国税发〔2005〕9号)规定：纳税人取得的全年一次性奖金，单独作为1个月的工资、薪金所得计算缴纳个人所得税，应先将雇员当月内取得的全年一次性奖金除以12个月，然后按其商数确定适用税率和速算扣除数，但在一个纳税年度内，该计税方法对每一个纳税人只能采用一次。
全年一次性奖金应纳个人所得税=(雇员当月取得全年一次性奖金-雇员当月工资薪金所得低于费用扣除额的差额)×适用税率-速算扣除数。
根据以上规定可以看出，第13个月工资属于年终加薪，完全可以适用全年一次性奖金的计税方法。因该计税方法在一个纳税年度内只能采用一次，为了规避不必要的税务风险，第13个月工资应与全年一次性奖金分别计算，合并发放。
依上例，假定该职工没有全年一次性奖金，或者说第13个月工资就是全年一次性奖金。该职工第12个月的工资、薪金所得应纳个人所得税=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数=(5000-2000)×15%-125=325(元)。因为(5000-0)÷12=416.67(元)，所以适用的税率是5%，速算扣除数是0。该职工全年一次性奖金应纳个人所得税=(5000-0)×5%-0=250(元)。该职工12月份应纳个人所得税总额=325+250=575(元)，比上一方案少缴个人所得税1225-575=650(元)，节税效果十分明显。
总之，企业在进行“第13个月工资”的税务规划时，将第13个月工资与全年一次性奖金合并计税，是一般情况下的合理选择。
