审查人员首先对该矿设计生产能力和历史纳税资料进行审查，发现该矿的设计生产能力为年产煤炭70万吨，而该煤矿自1999年2月投产至2002年底，每年的实际生产量都徘徊在63万吨左右。可是，该煤矿2003年的产量却一下下降了5.2万吨（产量为57.8万吨）。这引起了审查人员的高度重视。接着，审查人员又对企业财务报表进行分析，发现该矿在经营期间的税负比同类矿井的税负低得多，该矿的税负只有3.7%，而同类矿井的税负多在10%左右。同时审查人员还发现该矿吨煤耗电是同类矿井的1.3倍，耗材是同类矿井的1.37倍。因此，检查人员决定将该矿的电力消耗和材料消耗问题也作为审查的一个重点。另外，审查人员还通过对企业全年报送给税务机关的《增值税纳税申报表》进行分析，发现该矿全年均无“装车费”、“运费”等收入，这与该矿自己拥有数十辆运煤卡车的事实不符。因此，审查人员将该矿自备车运输问题同样作为审查的一个重点。审查重点确定后，审查小组便分兵三路：一路查销售量下降问题；二路查电耗和原料耗偏高问题；三路查自备车运煤问题。
一路审查人员对“销售收入”、“应付账款”、“其他应付款”等账户作了详细审查，均未发现什么较大的问题。于是，审查人员转而对该矿“应付工资”账户进行审查。通过对“应付工资”账户的审查，审查人员发现各采煤区一线采煤人员的工资发放存在较大的差别。因此，审查人员便来到了该矿劳资部门，对采煤区职工工资的发放情况进行调查。通过劳资部门对《采煤区职工工资表》和各工区报送的《煤炭生产量表》进行逐月对照，审查人员终于明白了其中的道理。
原来，各采煤区职工的工资发放数是以每个工人的采煤量来计算的。于是，审查人员通过对采煤职工工资计算的依据———《煤炭生产量表》的统计发现，该煤矿2003年度的煤炭生产量应该为65.28万吨。当审查人员询问该煤矿矿长时，矿长无可奈何地讲出了其中的原因。原来，该煤矿还拥有一家集体性质的综合公司，主要是为了解决矿上职工子女的就业问题。为了照顾综合公司的实际困难，2003年度该煤矿为综合公司建了一座大型轮窑厂，无偿提供了7万吨原煤（部分由轮窑厂使用，部分又转手出售）。于是，审查人员根据轮窑厂领用当月的平均销售价格，核增该煤矿2003年度销售额1734.51万元，核增增值税225.48万元。
二路审查人员审核该矿材料分配的会计凭证，查寻了每月的《材料分配表》，结果均未发现异常问题。于是，审查人员又进一步对所有涉及材料领用的会计凭证进行审查，通过领料单的“领料人”栏目统计出全年负责领用材料的人员共41人。接着，审查人员又对全矿人员领取工资花名册作调查，发现41个领料人中有7人不在工资花名册中。询问劳资部门负责人，负责人称这7人均是综合公司及轮窑厂的职工。通过对这7位职工的调查证明，他们所领用矿上的材料均是用于综合公司或轮窑厂。经过统计，综合公司和轮窑厂2003年度共从该矿领用各种材料723万元。于是，审查人员按照组成计税价795.30万元核增了该矿增值税135.20万元。另外，二路审查人员针对该矿经营期间电力消耗过大的问题，对矿上的电表记录作了了解，审查人员发现综合公司及轮窑厂2003年度无偿使用了该煤矿440万度电。于是，审查人员按照组成计税价169万元核增该矿增值税28.73万元。
三路审查人员来到运输车队，对车队的账目进行了审查。他们发现，这个非独立核算的车队一年多来共运送本矿煤炭取得运输、装车收入549万元（含税），一直是收支对冲，结余挂在账上。于是，审查人员核增该矿增值税63.16万元。这次代理审查共为该煤矿核增增值税452.57万元，使企业避免了税务机关检查时可能面临的补税罚款，令煤炭总公司的老总十分满意。
