1、2层超市平均售价为8500元/平方米，销售收入850万元。普通住宅部分平均售价3500元/平方米，实现销售收入1400万元。商住楼销售收入合计2250万元。营业税金及附加为123.75万元。
根据国家税务总局《关于房地产开发业务征收企业所得税问题的通知》(国税发[2006]31号)文件的规定：“开发产品必须按一般经营常规和会计惯例合理地划分成本对象”，如果一个开发项目既建有住宅（含普通住宅、非普通住宅）又建有写字楼或商业用房，甚至一栋楼中就有几种用途不同的商品房，开发公司财务上通常是以单栋楼为核算对象或者以一个建筑商所承揽的建筑工程为核算对象，这就是经营常规，也符合会计核算惯例，同时在企业所得税的核算上是符合政策规定的，在这种情况下如何计算其应纳的土地增值税呢？我们通过以上案例试加以分析。
1.住宅部分：
住宅分摊的土地成本（按照建筑面积分摊，下同）：400×4000÷5000=320（万元）；
住宅分摊的建造成本：700×4000÷5000=560（万元）；
分摊的开发费用：（320+560）×10%=88（万元）；
加计扣除项目：（320+560）×20%=176（万元）；
营业税金及附加：123.75×1400÷2250=77（万元）；
增值率：（1400－1221）÷1221×100%=14.66%。
增值率小于20%，按照《土地增值税暂行条例》第八条(一)项的免税规定，即：纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超出扣除项目金额20%的，免征增值税。因而住宅部分不征收增值税。
2.超市部分：
超市分摊的土地成本（仍然按照建筑面积分摊，下同）：400×1000÷5000=80（万元）；
分摊的建造成本：700×1000÷5000=140（万元）；
分摊的开发费用（80+140）×10%=22（万元）；
加计扣除项目：（80+140）×20%=44（万元）；
营业税金及附加：123.75×850÷2250=46.75（万元）；
增值率：（850－332.75）÷332.75×100%=155.45%；
应纳土地增值税：（850－332.75）×50%－332.75×15%=208.7125（万元）。
方法二：住宅和超市合并，以整个商住楼为单位计算土地增值税
扣除项目总额：1221+332.75=1553.75（万元）；
增值额：2250－1553.75=696.25（万元）；
增值率：696.25÷1553.75×100%=44.81%；
超市和住宅应缴纳土地增值税=696.25×30%－0=208.875（万元）。
两种计算方法应纳税额仅相差0.1625万元，不足以整个商住楼为单位计算的土地增值税的应纳税额的0.08%，如果认为两种方法都可取的话，无法解释的一个本质问题是：第一种计算方法中普通住宅的增值额不缴纳土地增值税；第二种方法中却包含了普通住宅增值额应纳的土地增值税。
（一）规章规定
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字［1995］48号）中规定：对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用《土地增值税暂行条例》第八条(一)项的免税规定（即纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超出扣除项目金额20%的，免征增值税）。
该文件要求分别核算增值额，但怎样核算并未作出具体要求。对于开发的住宅或者商用独幢楼是能够操作的；如果对房地产开发企业所开发的商住连体楼，要求会计上必须分不同用途归集成本费用的话是不可能的，或者归集的过程本身就是分摊成本费用的过程，难以准确把握。而且在现实工作中也没有一个开发企业的会计人员在账务处理上是分层核算成本费用的。
案例中，计算方法一显然是分别核算，确切地讲是分摊核算，符合财税字[1995]48号文件的精神。而计算方法二是以核算对象整栋楼为单位进行的核算。
（二）法规规定
《土地增值税暂行条例实施细则》第八条规定：土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。这一规定与计算方法二计算土地增值税的方法相吻合。
笔者认为，从法律位阶来讲，国务院发布的《土地增值税暂行条例实施细则》属于税收行政法规，《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》则属于规范性文件，税收行政法规的法律效力要高于税收规章和规范性文件的法律效力，因此计算方法二是可取的。
需要注意的是，如果纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，按方法二计算出的增值率未超过20%的，应对其非普通住宅的部分按《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）的规定分摊成本费用并计算相应的土地增值税。
引用法条
[1]《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》 第八条
