国土资源部：指导监督全国土地登记、房屋登记、林地登记、草原登记、海域登记等不动产登记工作；会同有关部门起草不动产统一登记的法律法规草案，建立不动产统一登记制度，制定不动产权属争议的调处政策；推进不动产登记信息基础平台建设；会同林业局负责国务院确定的重点国有林区森林、林木、林地的登记发证；会同海洋局负责国务院批准项目用海、用岛的海域使用权和无居民海岛使用权的登记发证等。
住房城乡建设部：负责制定房屋交易政策、规章制度并监督执行，指导监督房屋产权管理等工作；协同国土资源部指导房屋登记工作；负责建设个人住房信息系统。不再承担城镇土地使用权有偿转让和开发利用等职责。
农业部：负责指导农村土地(含耕地、草原、水域、滩涂)承包经营及有关合同管理、流转规范，调处合同纠纷，协同调处权属纠纷等。为与中央部署开展的农村土地承包经营权确权登记颁证工作做好衔接，农村土地承包经营权纳入不动产统一登记予以五年过渡期。过渡期内，农业部会同国土资源部等部门负责指导农村土地承包经营权的统一登记工作。过渡期后，改由国土资源部负责指导农村土地承包经营权登记工作。
林业局：负责组织、指导林地、林权管理，负责重点国有林区森林资源资产产权变动的审批，组织编制全国林地保护利用规划并监督实施，依法承担应由国务院批准的林地征收、征用、占用的初审工作，指导林地林木承包经营及有关合同管理、森林资源资产评估，监督管理林权流转交易，调处合同纠纷，协同调处权属纠纷等。配合国土资源部开展重点国有林区森林、林木、林地登记发证工作，协同国土资源部指导地方林权登记等工作。
海洋局：负责组织拟订并监督实施海域、无居民海岛使用管理制度，受理并审核国务院批准项目用海用岛申请等。协助国土资源部开展国务院批准项目用海、用岛的海域使用权、无居民海岛使用权的登记工作。协助国土资源部指导地方实施海域、无居民海岛使用权登记造册等工作。
