首先，一审法院根据《中华人民共和国土地管理法》的有关规定，认定甲与乙买卖房屋的行为未经有关部门批准，所以双方所签订的房屋买卖协议无效。笔者认为，一审法院没有正确理解“法律、行政法规强制性规定”的含义，亦未正确、全面理解《土地管理法》有关规定的含义。
(一)《土地管理法》第12条规定：“依法改变土地权属和用途的，应当办理土地变更登记手续。”但该法并未规定办理变更登记手续后合同才生效。根据《<合同法>若干问题的解释(一)》第九条规定：“法律、行政法规规定合同应当办理登记手续，但未规定登记后生效的，当事人未办理登记手续不影响合同的效力。”所以法院不能依《土地管理法》的上述规定认定合同无效。事实上，目前，我国农村宅基地和房屋办理登记的比例很低，更谈不上办理变更登记了。
(二)《土地管理法》规定：农村居民建住宅，使用原有的宅基地、村内空闲地和其他土地的，由乡级人民政府批准。笔者认为，该规定是明确针对农村居民新建住宅而言。法律只规定了农民建住宅要由乡政府批准，而未规定农村房屋买卖也要由政府批准，所以法院不能任意对法律规定作扩大解释，更不能依此认定买卖行为无效。而且，《土地管理法》第62条也规定：“出卖、出租住房后再申请宅基地的，不予批准。”显然，法律并未禁止农村村民出租、出售宅基地上所建住宅，也未对出售行为设置任何限制，而仅仅规定出卖人出售住房后不能再申请宅基地。迄今为止，我国还没有法律或行政法规对农村房屋的买卖作出禁止性或限制性的规定。国务院办公厅1999年发布的《关于加强土地转让管理严禁土地炒卖的通知》规定：“农村的住宅不得向城市居民出售，也不得批准城市居民在农民集体土地建住宅，有关部门不得违法为建造和购买的住宅发放土地使用证和房产证。”这可能是唯一对农村房屋买卖进行限制的规定，但是该通知既非法律，亦非行政法规，更何况其限制的只是城市居民购买农村房屋，根本没有限制农民之间买卖房屋的行为。
其次，除了一审判决中援引的《土地管理法》的有关规定外，一些人主张合同无效的主要依据就是《土地管理法》中“农村集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设”这一规定。笔者认为，该条虽未明确规定适用农村农业用地，但是，从其立法精神来看，该条旨在加强土地用途管制，限制农用地转为建设用地，保持农用地的数量，确保农民的生存之本和国家粮食安全，而宅基地本来就是建设用地，其主体变更没有改变宅基地的性质，更不会导致农用地的减少，故将该条规定适用于宅基地是不妥的。
