(1) 土地储备机构是否是储备土地的使用权人?根据《上海规定》第十二条：“(储备地块的权属证明)土地储备机构围垦滩涂成陆并经验收合格后，或者与有关企事业单位签订国有土地使用权收购储备协议后，或者取得储备地块的建设用地批准文件并拆除该地块上的建筑物、构筑物和其他附着物后，可以向市房地资源局申请土地登记，领取土地储备的房地产权证。储备地块交付供应时，土地储备的房地产权证应当由市房地资源局收回。”《杭州规定》第十二条：“……土地收购的一般程序：(八)权属变更。市土地储备中心根据《国有土地使用权收购合同》约定支付收购定金后，原土地使用权人与市土地储备中心共同向市土地管理部门、房产管理部门申请办理权属变更登记手续。(九)交付土地。根据合同约定的期限和方式，原土地使用权人向市土地储备中心交付被收购的土地和地上建筑物;被收购的土地使用权一经交付，即纳入土地储备。”根据上述两者的规定，储备的土地在进行产权登记时，都登记在土地储备机构的名下，根据民法上登记的公信公示原则，土地储备机构得到了登记上所记载的土地的权利，然而，实际情形是，土地储备机构仅仅是代理者，其并没有与一般登记者所享有的权利一样，如果第三人因为信赖土地储备机构所享有的权利而与之交易，后来政府予以否定，第三人的救济的途径是怎么样的?是通过民事诉讼还是行政诉讼?民事诉讼中谁是诉讼主体?且法院如何判定谁来承担违约责任?
(2)土地储备的临时利用的问题。《杭州规定》第十九条：“(二)土地利用。原土地使用权人交付土地后，储备土地预出让或招标、拍卖前，市土地储备中心可以依法将储备土地使用权单独或连同地上建筑物出租、抵押、临时改变用途。”另外，根据《杭州规定》第三十五条：“土地储备中心的土地收购资金可以通过收购土地的抵押贷款筹措。”问题是土地储备机构不是土地的使用权人，其是没有权力去处分土地的，如果贷款不能偿还，银行能否强制取得土地的使用权是有疑问的，因为，目前来看，土地储备机构是政府的代理人，且收益归政府所有，土地储备机构仅有的注册资本是无法承担巨大的债务责任的。《上海规定》第十三条：“(储备地块的临时利用)经规划管理部门批准，土地储备机构可以在土地储备期间，临时利用储备地块。储备地块的临时利用不得影响市容环境，不得修建永久性建筑物、构筑物和其他附着物。市和区(县)土地储备机构不得兼营除临时利用储备土地以外的其他经营性业务。”如前所述，土地储备机构并不是真正的权利人，其获得处分权利的基础是政府的委托。权利的不明确使得土地产生的纠纷的解决的复杂性问题。
(3)在担保贷款方面，以武汉土地整理储备供应中心为例，当其向商业银行贷款时,一般先由财政部门或其他相关部门同银行协商,并向银行出具一个"承诺书",银行相信政府的信用,就为其办理贷款;我国《担保法》规定政府及以公益为目的的事业单位不能作为保证人。
(4)土地储备机构与政府之间是一种受托与委托的关系,受托人必须以委托人的名义从事受托行为,其法律后果也应当由委托人承担.其结果土地储备机构的独立法人资格实质上毫无法律意义.诸如土地储备机构与商业银行及其他金融机构间的贷款合同,土地公债的偿还,收购款的支付等,一旦发生土地储备机构违约,则违约责任的承担就会出现主体混乱的局面。从实践来看，土地储备机构的资金来源是地方财政的拨款，或者是由受让人支付前期的开发费用，其他收益全部上缴国家，实质上土地储备机构承担责任的能力是很有限的，这样对债权人的保护来看是很不合理的。
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