现行的福利企业残疾人员工资扣除优惠政策，主要体现在《企业所得税法》和《企业所得税法实施条例》的规定中，根据《企业所得税法》第三十条规定：“企业的下列支出，可以在计算应纳税所得额时加计扣除：(一)开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用；(二)安置残疾人员及国家鼓励安置的其他就业人员所支付的工资。”
《企业所得税法实施条例》第九十六条进一步明确规定：“企业所得税法第三十条第(二)项所称企业安置残疾人员所支付的工资的加计扣除，是指企业安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实扣除的基础上，按照支付给残疾职工工资的100%加计扣除。残疾人员的范围适用《中华人民共和国残疾人保障法》的有关规定。”
那么，福利企业安置残疾人员所支付的工资加计扣除超过应纳税所得额的部分能否扣除？从上述福利企业的相关所得税优惠政策问题看，很显然《企业所得税法》和《企业所得税法实施条例》对企业安置残疾人员所支付的工资作出了加计扣除的规定。这里，可能有些人会问，这些规定与财税〔2007〕92号文的相关规定不是大同小异吗？其实不然，新税法并没有像财税〔2007〕92号文那样规定“单位实际支付给残疾人的工资加计扣除部分，如大于本年度应纳税所得额的，可准予扣除其不超过应纳税所得额的部分，超过部分本年度和以后年度均不得扣除”等内容，也就是说，新税法并没有讲到加计扣除的限制为应纳税所得额部分。
这里需要说明的是，也正因为财税〔2007〕92号文“关于残疾人工资扣除优惠政策”的规定随着新税法的实施而失效，新税法才需要就有关问题重新作出规定。
新税法虽然没有讲到加计扣除的限制为应纳税所得额部分，但是对残疾人员工资加计扣除的税务处理，可以比照技术开发费加计扣除相关规定执行。因为，《企业所得税法》第三十条对企业的支出可以在计算应纳税所得额时加计扣除的，仅列举两项，其一是开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，其二就是安置残疾人员及国家鼓励安置的其他就业人员所支付的工资。
对于企业技术开发费加计扣除的税务处理，在《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》(国税函〔2009〕98号)中有明确，如国税函〔2009〕98号文规定，企业技术开发费加计扣除部分已形成企业年度亏损，可以用以后年度所得弥补，但是结转年限最长不得超过5年。
此外，《企业所得税法》第十八条规定：“企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过五年。”因此，笔者认为，在新税法下，福利企业残疾人工资加计扣除超过企业应纳税所得额形成的亏损，可以用以后年度所得弥补，但结转年限不得超过5年。
