投资者必须向证券公司缴纳一定比例的保证金，这也是中小企业融资融券过程中所产生的债权的担保物。同时保证金的比例也决定了投资者可以通过中小企业融资融券将投资收益放大多少倍。
由于此次证监会宣布中小企业融资融券试点业务启动的同时，并未推出相关细则，因此保证金的具体缴纳比例还没有定论。根据2006年沪深交易所发布的实施细则，中小企业融资和融券的保证金比例都不得低于50%，也就是说杠杆效应为2倍。如果按照这个比例测算，那么以投资者要中小企业融资来举例说明，其投入的保证金为5万元，该投资者可从券商处融得10万元资金。同样，如果投资者要融券，其现有的作为保证金的证券市值为5万元，那么该投资者可融得的证券市值为10万元的证券。另外，中小企业融资买入ETF和国债的初始保证金率为125%，维持保证金率为115%;融券卖出ETF的初始保证金率为125%，维持保证金率为115%;中小企业融资买入其他证券的初始保证金率为150%，维持保证金率为125%。
据悉，在今后的试点阶段，初始保证金的比例会适度提高。在监管部门的窗口指导下，各试点证券公司根据各自情况，有可能把最低保证金比例从50%进行适度提高。至于具体比例，相关业内人士分析表示，60%、70%甚至100%都有可能。提高该比例后，中小企业融资融券的杠杆作用就不会很明显。
需要提醒的是，除了初始的保证金以外，中小企业融资融券业务的交易中还有一定的保证金维持比例。实施细则规定，客户维持的担保比例不得低于130%。该比例是证券公司控制风险的重要手段，因此投资者应该随时关注。否则，一旦没有及时追加保证金，券商将会强行平仓。举例来说，()投资者拥有5万元资金或证券，融得了10万元的资金或证券，中小企业融资融券后的市值为15万元，那么按照130%的客户维持担保比例，如果其总市值减少到13万元以下，该投资者就需要追加保证金，否则就会被强制平仓。而且，试点期间不同的证券公司也会根据自身情况提高追加的保证金比例，预计该比例有可能达到140%或者150%。而据某券商人士透露,对申请中小企业融资业务的客户资产要求会比较高,“预计会在50万元以上”。
