虽然特许企业在整体上处于快速发展阶段，但困扰企业发展的问题依然存在。其中最具普遍性的问题，就是企业在快速扩张的同时，如何有效控制加盟店，使其健康规范的运营。
目前，我国的特许企业主要集中在第三产业中的零售、餐饮和服务业领域，随着经济快速健康发展，消费市场结构正在发生深刻变化，对服务消费的需求不断高涨，为特许企业快速发展提供了理想的市场机遇，但反观我国的特许企业，虽然企业数量增长迅速，但从企业个体发展态势看，却相对迟缓。具体表现在三个方面：一是在品牌、管理等方面具有明显优势的企业开店谨慎，形成局部的卖方市场(即申请加盟的投资者数量多于允许加盟的数量)；二是不少企业发展的加盟店经营不善，导致总部品牌受损，投资者利益受损，有的特许企业因为加盟者全面受损甚至淡出市场；三是一些特许企业开始重新考虑扩张模式，并有由特许转向直营或投资之势。
经过对特许企业的沟通与调查发现，导致上述情况发生的主要原因，都与企业对加盟者控制不力有关。控制不力一方面与加盟者的整体素质、社会信誉化发展水平以及法律环境有关；另一方面，对于特许企业来讲，控制不力更多的是源于企业自身的管理能力。这就表现出企业发展中存在的一个基本矛盾，即企业成长机会的无限性和成长能力的有限性之间的矛盾，对于特许企业来说，这一矛盾表现得尤为突出，因为从市场条件看，特许企业比很多其他企业具有更好的可增长性。那么，特许企业自身能力的局限性又是如何表现的呢？
综观我国特许企业的发展历程我们不难发现，虽然目前市场上形成了一批有一定影响力的特许品牌，有的企业拥有的连锁店数量已经用百计，但我国特许企业的规模从总体上看，还应划归中小企业之列，企业文化、管理团队、资金实力、管理基础都还比较薄弱，对于这样的企业，在其连锁扩张过程中，必然要遭遇一个发展的瓶颈：即连锁店的数量已经超出总部的控制能力，而这个瓶颈显露的时刻就是扩张开始失去控制、控制开始限制扩张的时刻。而暂时放弃扩张无疑被大多数企业视为理智的选择，因为控制不力造成的损失比丧失开新店的机会更严重，诸如：加盟者不按要求规范运营破坏品牌形象、特许权使用费无法按时按量收回、加盟店擅自采购带来法律风险、与加盟者合作中矛盾激化使进入当地市场受阻等。
在现阶段，特许企业在资源有限的情况下要提升自己的控制力，以保证高质量的扩张，首先应在盈利模式上下工夫，因为实施有效控制的基础是要让加盟者获得利益，不能使加盟者获得回报的管理是苍白无力的。其次，在总部组织框架的构造上，应围绕加盟者的需要进行设计，以加盟者为本。最后，在强化控制的同时，应通过稳健的扩张带动企业控制力的提升，在不断扩张中积累经验，进而达到扩张与控制二者的统一。
