专利权质押合同可以是单独订立的书面合同，也可以是主合同中的担保条款。国家知识产权局《专利权质押登记办法》的规定如下：
第九条 当事人提交的专利权质押合同应当包括以下与质押登记相关的内容：
（四）专利权项数以及每项专利权的名称、专利号、申请日、授权公告日；
第十条 除本办法第九条规定的事项外，当事人可以在专利权质押合同中约定下列事项：
（三）质押期间专利权被宣告无效或者专利权归属发生变更时的处理；
专利权的客体分为三种：发明，即是“对产品、方法或者其改进所提出的新的技术方案”；实用新型，即“对产品的形状、构造或者其结合所提出的适于实用的新的技术方案”，外观设计，“指对产品的形状、图案、色彩或者其结合所作出的富有美感并适于工业上运用的新设计”。既然专利权的客体分为三种，那么专利权质押合同应当具体约定被质押的专利是哪一种，载明其名称、专利号等，以免发生条款不明，无法履行的情况。
专利权是一个集合概念，它具体包括以下几种权利：独占权，即专利权人排他性地利用和最终处分其专利权的权利，这是专利权中最基础的权利。独占权又分为几项：制造、使用、销售其专利产品的权利，使用专利方法的权利，制造、销售外观设计专利产品的权利，除合理使用外其他任何人未经专利权人的同意不得非法行使专利权人的独占权。
转让权，即专利权人有权通过订立专利权转让合同转让自己的专利权，以取得经济收益；许可权，即专利权人允许其他单位或个人实施其专利权，以取得经济收益；标记权，即专利权人有权在其专利产品或该项产品的包装上标明专利标记和专利号的权利，这是一项人身权利性质的权利；专利产品的进口权，即指专利权被授予后，除法律另有规定外，专利权人所享有的阻止他人未经专利权人许可，为生产经营目的的进口其专利产品或者进口依照其专利方法直接获得的产品的权利。
因此，专利权质押合同应当约定被质押的是哪一项或几项权利，当然标记权不得作为质押标的。
