按照目前有关规定，专利纠纷可以通过行政处理或法院诉讼来解决。有权处理专利纠纷的行政机关有省一级、省会城市、经济特区、沿海开放城市政府设立的专利管理部门，以及省会城市、经济特区、沿海开放城市的中级人民法院。例如汕头市人民法院和汕头市专利管理局都可以受理专利纠纷的案件。
通过专利管理机关调处专利权纠纷，较之诉讼来说，手续简便，方式灵活，况且专利管理机关有一批既有较强专业知识，又熟悉法律的执法人员，所以处理起来直接快捷，有利于纠纷的尽快解决。有的侵权人为了拖延时间，随便找个理由，向专利局提出撤销专利权或向专利复审委员会提出宣告无效请求，这时人民法院必须中止案件的审理，等待专利局或复审委员会的结果。所以案件有时一拖就是几年，产品从畅销都变成不好销。但是作为专利管理机关，在分析请求人提出的证据以后，认为证据不足的，可以不中止审理。所以对于实用新型及外观设计专利侵权纠纷，通过行政处理更显其优势，当然经过专利管理机关调处后，当事人不服，也还可以向人民法院起诉。
向人民法院起诉，通过诉讼程序解决是一般解决民事纠纷的办法，其长处在于人民法院的判决、调解书具有直接的强制执行效力。但是通过诉讼解决专利纠纷，也存在着一些值得注意的问题，如专利侵权纠纷往往涉及专业技术问题，法院要请专家咨询，请专家鉴定评议，所以，诉讼时间经常拖得太长，当事人耗尽精力，也不利于专利技术的实施利用，尽快转化为生产力。
一、收集证据、核查事实 一项专利权是否被他人侵犯，首先要查明是否有已构成侵权的事实，这些事实完全要靠证据来证明。因此，及时、全面地收集有关证据是非常重要的。这时应特别注意收集侵权的物证和书证。 物证－－主要是侵权产品。侵权产品是十分重要的证据，而且它的取得也并不困难。 书证－－一般应包括两个部分：
其一，证明专利权人有专利权，如：专利证书、专利申请文件、专利实施许可或专利权转让合同书等；
其二，证明侵权方实施了侵权行为，如：侵权方与他人的订货合同或转让合同、销售发票或销售产品说明书，技术对比文件等等。 在有些情况下，往往一两份有力的书证就可以认定侵权事实的存在。 二、对专利权本身重新评估
对侵权行为的调查判断最终可能会引起侵权诉讼，而侵权诉讼的胜与负，在很大程度上要看专利权人手中的专利权是否无懈可击。因此，专利权人应当对自己专利权的专利性重新进行分析、评估，对该发明创造的专利性强弱作出判断，切不可因为自己已经获利专利权就滥用诉讼，如果是这样，在侵权诉讼中一旦反诉该专利权无效，将会使自己措手不及，还可能造成诉讼中转胜为败。现实生活中这种例是不少的。
例如，有一起实用新型专利侵权纠纷，在被人民法院认定侵权事实成立，赔偿不可避免的情况下，被告以该实用新型专利不具备新颖性为由，向专利复审委员会提出无效宣告请求。当专利复审委员会驳回无效请求，维持该实用新型专利有效后，侵权被告又以该专利不具备创造性为由，第二次请求宣告该专利权无效，这一次理由成立，复审委员会宣告该专利权无效。这样一来，专利权便无从谈起。侵权诉讼由于被告反诉专利权无效而中止三年，由于专利权人起诉时态度强硬，要求对被告侵权行为采取财产保全措施，因此，当该专利权被最终宣告无效后，原侵权纠纷案的被告要求原专利权人赔偿损失，搞得原专利权人十分被动。所以，起动诉讼程序以前重新评价专利权的稳定性是十分必要的。
三、侵权警告
在提起专利诉讼前，专利权人向侵权方发侵权警告，这在我国专利法中并无规定，但在现实生活中却被经常使用，而且还常取到较好的作用。
要切实做好警告前的调查研究工作，必须在对侵权的认定有绝对把握的情况下才能使用。 侵权警告信的写法可以根据不同情况，口气可以强硬，也可以缓和。一般应写明以下内容： (1) 专利权人的专利号，专利的主要权项内容； (2) 对方的产品或方法侵害了该专利权，希望中止或禁止对方制造、销售和使用的行为； (3) 希望对方于何时就此作出答复； (4) 如果对方不作答复，专利权人可能采取的措施。
四、起诉时机的选择
实践中，专利权人或者利害关系人往往一发现有侵权行为出现，便立即提起侵权诉讼，而在诉讼中又常常因为证据不足，或自己的专利不具备专利性，或对方根本不侵权，给自己造成被动以至酿成更大损失。因此，起诉一定要慎重，要选择好时机。
根据专利法第61条的规定，侵犯专利权的诉讼时效为二年，自专利权人或者利害关系人得知或者应当得知侵权行为之日起计算。专利权人只要在这二年的诉讼时效内起诉即可，并不都是越早越好。
在许多情况下，专利产品的出现并不影响专利权人的经济效益，此时，专利权人不必急于提起诉讼，而应当把诉讼前的准备工作尽量作充分。只有在该专利产品由专利权人或者利害关系人独占市场，且市场需求量又不大或者产品属时令产品、季节性很强时，及时起诉才是必要的。
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