网络经济没有国界，电子商务跨越时空，这使得传统上专利保护的“属地主义”原则正在面临挑战，必然发生变化。美国是网络经济最发达最集中的地区，也是“BtoB”“BtoC”等电子商务模式的发源地。大量的电子商务的商业方法在美国获得专利保护，必然对全世界的电子商务发展产生微妙而深远的影响。其结果很可能导致国际上有关电子商务的专利侵权诉讼频起，使得他国电子商务的经营者充满法律风险。例如前述亚马逊公司取得了“一点通”(Oneclickordering)专利，其所覆盖范围实际上远超美国国界，在全球互联网上，只要经营网络零售业务的公司所应用的销售方法软件表现出与之相同或近似，都可能成为被诉对象。目前我国电子商务虽处于迅速发展之中，但无论是“BtoB”还是“BtoC”等模式，很多是照搬或模仿美国的商业方法，其中潜在法律风险不言而喻。因此，首先必须从观念上树立专利侵权风险防范意识。电子商务经营者应当随时注意美国、日本等国在电子商务上运用商业方法所申请的专利，如果予以忽视，当我国电子商务的经营规模对美国和日本的厂商构成威胁时，就会面临大量的侵权诉讼，就如同目前国外拥有DVD专利权的厂商要求我国DVD厂家支付权利费一样，一旦我们形成产业规模，权利要求就会接踵而至。加入WTO之后，此种风险系数越加放大。
在防范风险的同时，我国更应主动借鉴国外有关电子商务的商业方法专利的最新立法趋势，尽快建立起我国的电子商务专利保护制度。因为电子商务的商业方法专利保护实质上是关于创新的电子商务方法计算机程序的保护。我国只要对现行《计算机软件保护条例》(1991年)加以补充与完善即可。不妨考虑在原有的软件著作权保护基础上加上有关商业方法软件的专利保护，必要时也可以考虑对《专利法》再行修正。
无论采取何种方式修改法律，鉴于专利权的垄断性较强，都必须提高电子商务的商业方法专利的“入门台阶”，严订审核标准，以免授权过多过泛而妨害电子商务的发展。首先，只有具有实际应用价值、高度创新且已表现为计算机程序的商业方法才可授予专利;其次，因为软件创意往往生命周期较短，软件产品更新换代极快，故电子商务的商业方法专利权期限不宜过长，一般应限定在10年以内;再次，对商业方法专利申请人，应强制要求其必须在一定期限内付诸实施，否则撤销其专利保护，以免许多创新的商业方法在专利保护下不能付诸实施，使得其他有心经营的商家无法利用，从而阻碍电子商务的发展。
对于电子商务的商业方法给予专利保护，等于为我国企业在全新的领域获得自主知识产权创造新的契机。在日新月异、充满机遇也充满风险的网络经济中，对创新的商业模式给予适时和适当的专利保护，有利于化解风险、创造机遇，从而促进我国电子商务的健康发展。
