《药品管理法》第41条规定：“药品必须使用注册商标;未经核准注册的，不得在市场销售。”“注册商标必须在药品包装和标签上注明。”这个规定对每个药品生产经营单位来说应是早已非常清楚并严格执行的了。然而给药品起一个商品名称，并将商品名称按《商标法》有关规定予以注册却是近几年才逐渐为众多厂家认识到的。应该说给药品起个商品名称，并将商品名称注册这是人们在激烈的市场竞争中寻求自我保护，提高知识产权意识的有效措施之一。在这方面开展工作较早的当属改革开放较早的广东及其他沿海地区。
随着知识产权意识的增强，许多新药研制单位在申报新药时在药品名称以外又同时附上一个商品名称。有关部门在评审该药品时主要还是依新药申报的有关要求来进行，对所附的商品名称是否已经或能在商标注册部门获准注册则难以把握清楚。这样一来又引出一个新的情况：新药评审部门在批准申报单位的新药同时所批附的商品名称也许在商标注册部门按《商标法》规定难以获准注册，或者该商品名称已被他人在先申请了商标注册。如此情况的出现会使即便获得药品商品名称的生产企业其商品名称也难以获得法律的保护。如果有人在先注册了与该商品名称同类同名的商标，甚至还将引起企业间的侵权纠纷。因为目前的《药品管理法》并不保护商品名称，《商标法》也只是保护注册商标，可以说一个没有最终通过商标注册部门核准注册的商品名称在使用中会带来诸多的问题。从法律意义上讲，只要通过《商标法》规定程序获准注册的商标就可在该申请商品上使用，而无论该商标(名称)是否作为商品名称得到药品评审部门的批准。
针对这一现象，有人认为新药申请单位在向药品评审部门申请药品商品名称时应提交经商标注册部门正式核准注册的凭证，药品评审部门以此为依据审批其申请的商品名称。这个想法似乎不错，但操作起来却较难，因新药申请评审与注册商标申报审批在工作程序及时间上毕竟不是吻合的。一个企业决定申报一个新药时不大可能等拿到将用作商品名称的注册商标注册证时才去进行。这样申报企业将失去许多宝贵的时间及机会。
本人认为这是我国现行有关法律之间尚需完善的地方。尤其在修改《药品管理法》时应考虑到药品商品名称的法律地位问题。由于上述情况的存在，一些企业之间已因此而产生了一些法律纠纷。随着中国加入世贸组织的临近，知识产权保护的问题对每个药品生产企业来说已不容忽视。
无论是完善法规还是就目前的现状而言，本人认为药品评审部门与商标注册部门均应加强沟通，如通过计算机网络共享资源，交换信息等，使双方在审批商品名称或注册商标时不至于撞车，也可避免商标注册部门注册不当，将药品的通用名称作为商标注册。
