知识产权制度是一项古老的制度，但是计算机软件却是在上世纪60年代才出现的，作为一种新型的智力产品，用什么方式进行保护，在世界上引起了20多年的争论。美国刚开始适用专利法保护，1972年菲律宾率先将软件列入著作权保护对象，美国在1976年、1980年两次修改著作权法，确认计算机软件适用著作权法进行保护。也有的国家综合著作权和专利法的内容指定独特的软件保护制度，用著作权法保护计算机软件基本成为通例。
在我国计算机软件适用著作权法保护。《著作权法》第三条直接将计算机软件作为作品的一个类型加以保护。《计算机软件保护条例》也是根据著作权法来制订的。
著作权法保护的是作品的表达形式，而不保护思想内容，这似乎比较抽象，举例说老师要求学生做命题作文，写一篇表达父爱的文章，每个学生都用自己的行文方式写出来了。在这里对父爱的赞美是思想内容，而每个人写的内容是表现形式。著作权法保护的是每个学生写的文字内容本身，而对文字中表达的思想内容是不保护的，不管某个学生表达方式多么有创意，对于这个创意是不保护的。
由于著作权法保护范围的限定，使其对某些作品的保护显得非常的苍白。例如广告用语，广告策划案，非常简短的一句话，可能只有三五个字，就能高度简练表达一件事情，这种表达形式更多的是体现出创意。因为著作权法不保护创意，只保护表达形式，那么其他人很容易模仿这个创意，改换其他词语，达到同样的效果。创意的模仿为同行业不耻，但是这并不构成著作权法上的侵权。这是著作权法的尴尬。
知识产权制度是保护的是智力成果，这种智力成果是非物质性的精神财富。软件编写也是高度的智力创作过程，按照知识产权制度原理，应该将其全部智力成果纳入保护范围之中，而不应该只保护其中的一部分。
我们拿专为单个用户专门编写的软件来举例，客户只知道要求软件实现那些功能，系统分析员针对客户的要求进行分析，那些功能有现成的技术方案，那些技术是不成熟的需要组织人员进行攻关，编写好文档后，再交程序员进行编写出源代码。那么在这个智力创造过程中的智力成果至少有两个：1、技术方案，2、源代码，软件更体现智力成果的是技术方案，而不是源代码的编写，编写程序是比较初级的工作，不需要太多的技术水准。
按我国的专利法规定：专利包括三种，发明专利、实用新型专利和外观设计专利，软件一般只可能申请发明专利。
《专利法》对发明的定义为：“是指科技开发者对产品、方法或者改进所提出的技术方案。”发明有两种，一种是产品发明，一种是方法发明。产品发明是人们通过开发出来的关于各种新产品、新材料、新物质等技术方案。方法发明是为制造产品或者解决某个技术课题而研究开发出来的操作方法，制造方法以及工艺流程等技术方案。软件产品符合方法发明的要件。
发明专利取得的实质条件为“三性”，1、新颖性，2、创造性，3、实用性。新颖性是指申请专利的发明的在申请日以前没有同样的发明在国内外出版物公开发表过，在国内公开使用过或以其他方式为公众所知，也没有同样的发明由他人向专利局提出过申请。创造性是指申请日以前已有的技术相比，该发明有突出的实质性特点和显著的进步。实用性是指能够在工业上的应用并有实际利益，能够产生积极的效果。从发明专利取得的三性上来判断，很多软件符合申请专利的条件。
1、保护的内容不同
著作权法保护形式，专利法保护创意思想。著作权法保护的是软件的源代码，软件的核心内容——技术方案的创新可以申请专利，适用《专利法》来保护，这样两者结合使软件得到更加完善的保护。
2、取得保护的条件不同
著作权是自动取得，取得的时间以开发完成的时间为依据，一完成即自动取得著作权，受到著作权法的保护，对软件的内容不进行任何的审查，无论软件源代码的写得如何，即自动取得著作权/版权，受著作权法的保护。专利则必须符合专利申请的条件，需要向专利局申请，是否授予专利权需要专利局进行审查后审批。
3、保护的时间不同
发明专利的保护时间为二十年，从申请日开始计算，但是受保护是在申请审批取得专利权之后，专利的审查的手续比较烦琐，从申请到取得专利权证书一般要3年左右的时间。软件著作权的保护时间为50年，从开发完成之日起就受版权保护。软件在获得专利权之前已经受到著作权法的保护，申请专利并不影响其受到著作权法的保护，有足够的耐心去等待专利的审批。
欧洲各国已经授予了多达30000万项各种软件专利，光是一个网上购物就已经有了20个专利。某些软件一旦被授予专利，程序员们就很难绕得开，他们面临的将是一个专利雷区，只有支付专利费才能开发软件，所有的公司将必须为其软件产品提供专利许可费用，这些公司并没有真正的产品或服务业务，仅仅依靠专利许可证的发布而获得盈利。
