面对中国公办大学十年来的急速扩招和人口出生率的持续下降，民办高校倍感招生萎缩的巨大压力，有些甚至将招生困境简单归咎于人口出生峰值回落造成的适龄大学生数量减少。
民办独立学院——南京大学金陵学院副院长钱钟认为，在京津沪等经济发达城市，除了人口出生率下降这一因素以外，还有一个容易被忽略的因素，即这些城市公办大学的本地学生录取比例较高，挤占了民办高校的选择空间。
同时，缺乏稳定可靠的外部资金支持的中国民办高校，一时还走不出“以生养校”的模式，它们必须依赖提高学费来抵消招生不足导致的资金缺口。
根据一些民办高校的测算，要想保持学校的正常运转，一个民办专科学校在校生需要维持在3000人左右，一个民办本科学校需要维持在5000人左右，否则就会坠入“招生不足-资金断裂-教学停滞-声誉下降”这样的恶性循环。
南京另外一所民办高校不愿透露姓名的负责人说，尽管各级政府在鼓励和促进民办教育发展方面出台了一些政策和措施，但社会上对民办高校的歧视仍然普遍存在。
尤其在办学经费、师资社会保障等方面难以与公立高校相匹敌，教育公益事业发展相对滞后使民办高校得不到足够的社会捐赠，才是民办高校发展困境的深层次矛盾。
中国政府自2008年8月起启动新一轮教育改革，特别成立了由温家宝总理担任组长的教育改革规划纲要领导小组。包括民办高校在内的民办教育如何规划和发展，成为优先考虑的问题之一。
《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010-2020)》征求意见稿中明确说明，国家将“依法落实民办学校、学生、教师与公办学校、学生、教师平等的法律地位，保障民办学校办学自主权。清理并纠正对民办学校的各类歧视政策。积极探索和制定促进民办教育发展的优惠政策。”
《规划纲要》征求意见稿还表示，国家将健全公共财政对民办教育的扶持政策，建立民办学校办学风险防范机制和信息公开制度;扩大社会参与民办学校的管理与监督，加强对民办教育的评估。
全国政协委员、北京二十一世纪实验学校董事长张杰庭在今年全国两会期间曾表示，与公办学校相比，中国民办高校不论从整体实力还是个体影响力都处于明显的弱势地位。目前，民办学校的问题很多，但集中在一点上就是能否给民办教育以平等待遇的问题。
他认为，要消除民办教育歧视、加大公共财政扶持民办教育力度、给予民办教育教师平等待遇，《规划纲要》必须明确可操作的条例和办法。
