原被告签订《土地经营管理合伙协议书》后,双方确立了合伙法律关系。《中华人民共和国民法通则》第三十条规定:第三十条个人合伙是指两个以上公民按照协议,各自提供资金、实物、技术等,合伙经营、共同劳动。第三十一条规定:合伙人应当对出资数额、盈余分配、债务承担、入伙、退伙、合伙终止等事项,订立书面协议。第三十四条第一款规定:个人合伙的经营活动,由合伙人共同决定,合伙人有执行和监督的权利。但被告未经原告的同意,擅自与他人签订合伙协议。根据最高人民法院关于贯彻执行《中华人民共和国民法通则》若干问题意见第51条规定:在合伙经营过程中增加合伙人,书面协议有约定的,按照协议处理;书面协议未约定的,须经全体合伙人同意,未经全体合伙人同意的,应当认定入伙无效。因此,被告与第三人所签订的协议如属合伙性质应属无效。
但根据被告与第三人所签订的《合伙协议书》和被告与第三人的实际行为看,被告的行为实际上应该是一种转包的行为,但被告并无转包的权利,而且也没有经过原告的同意,根据《中华人民共和国农村土地承包法》、《农村土地承包经营权流转管理办法》、《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》的规定,原告是本案1000亩土地承包经营权流转的唯一主体,被告没有以任何方式处分该土地承包经营权的任何权利。
因此,无论被告与第三人所签订的协议属于合伙、转包还是其他性质,都属于擅自处分土地经营权的行为,当然属于无效协议。
综上,被告在履行协议过程中,严重违反约定,根据《中华人民共和国合同法》第一百零七条和《中华人民共和国民法通则》第一百零六条第一款的规定以及原被告所签订的《土地经营管理合伙协议书》第三条、第四条、第五条、第八条的约定,被告应当向原告支付违约金40000元。