自1985年广东省深圳市宝安区横岗镇在全国率先开展以农村社区股份制为主要内容的农村集体资产产权制度改革以来，广州、深圳、珠海、东莞、中山等珠江三角洲经济发达地区也相继推行了农村股份合作制改革。目前，仅深圳宝安区就有206个社区居委会、456家集体股份合作公司，总资产406.6亿元，净资产263.8亿元，年人均分红8416元。这是社会主义新农村建设的新生事物，也是农村改革中产生的新的集体资产管理模式。农村股份合作公司不同于《公司法》意义上的公司，也不同于传统意义上的农村集体经济组织，如何加强廉政建设是一个新课题。
实践中，许多地方以健全管理制度、规范权力运行为重点开展农村股份公司廉政建设。深圳市颁布《股份合作公司条例》，建立健全了农村股份公司各项制度，明确群众关注的热点、重点问题必须经领导班子研究，交支部大会、股东代表大会或股民大会讨论通过；该市宝安区还出台《关于加强社区党风廉政建设的实施意见》和《股份合作公司监督管理暂行办法》，探索建立完善社区民主决策各项制度。
广州市天河区制定《农村股份合作经济组织基本规定》《关于加强撤村改制后续工作的意见》等规范性文件，各村股份公司普遍制定《重大决策有关规定》，健全以股东代表大会为主的包括董事会、监事会的“三会”决策制度。
严格财务管理是维护公司财产安全的重要手段。目前，广东普遍实行“村账乡镇代理”、“村会计乡镇委派”、“村会计乡镇选聘”等制度，农村股份合作公司的财务开支情况也由镇（街）进行统一监管。
深圳市宝安区一些街道专门成立村（居）务指导中心，由指导中心的注册会计师、审计师对公司的财务进行直接指导和监督。中山、东莞等地的股份合作公司还建立健全电算化内部管理制度，对财务实行统一电算化管理。广州市天河区制定《关于农村财务管理的暂行规定》，规定股份合作公司财务收支情况应每月公布一次，公开前必须经董事长签字、会计复核和监事会审核。珠海市要求财务单据在报账前须经监事会审核，建设项目预决算须经中介机构审核后，才能将情况向股东公开。
广东各农村股份合作公司还采取有效措施，切实控制公款接待费用，遏制大吃大喝等不良风气。深圳市作出具体规定：股份合作公司公务接待实行总量控制，全年业务收入总额在500万元以下的，公务接待费不得超过业务收入总额的10‰，500万元以上1500万以下的，不得超过5‰，1500万以上的不得超过3‰。
而珠海市则在规范管理层薪酬标准方面作出初步探索，规定各股份合作公司根据公司规模大小、经济发展状况、股东分红等因素制订标准，明确管理层薪酬、各种补贴等，并经股东大会决定。
村务公开是广东农村基层党风廉政建设的亮点之一。目前，该省各村（居）委都采取上栏、上表、上会、上网等形式，以财务公开为核心，重点公开固定资产管理、生产经营重大决策、重要投资、重要人事任免、财务预决算、贷款担保、财务审计情况以及企业管理人员工资标准、股东分红、奖金分配等。在此基础上，深圳市定期组织人大代表、政协委员视察村（居）务公开工作，提出改进意见。广州市股份合作公司则积极利用公司网站和移动通信平台等，及时向股东报告公开事项。
广州市天河区股份合作公司明确规定，公司全体党员为公司、经济社的当然股东代表，重大投资项目、村规民约的实施，必须首先经过党员会议讨论通过，再提交股东大会（或代表大会）审议决定。各村街党工委每半年召开一次廉情分析会，掌握公司班子成员和党员股东在廉洁经营方面存在的倾向性、苗头性问题，及时提醒诫勉。
东莞市农村集体资产管理办公室每年组织一次全市性财务检查，镇（街）农村集体资产管理机构每年实施两次财务检查，及时督促整改存在问题。珠海市每年对三分之一的公司进行定期审计，对公司主要领导进行任期经济责任审计，并向股东公开；每年对股份合作公司的经营情况至少开展一次专项检查，及时解决发现的问题。广州天河区在公司内部建立了审计制度，成立专门的合同审查小组，加强财务监督。
随着广东农村基层党风廉政建设的深入推进，农村股份合作公司的股权构成、股红分配和村干部工资奖金等明确公开，管理者风险意识得到强化，农民的积极性得到提高。据统计，实行村改股份制公司后，农村管理人员的费用普遍减幅达50％左右。此外，党组织、村（居）委会、股份合作公司董事会、监事会成员交叉任职，各机构按照自己的组织章程开展工作，从根本上改变了原来村（居）党组织直接支配人、财、物的领导方式，有效防范腐败现象滋生蔓延。
