《医疗事故处理条例》在医疗纠纷处理立法领域有所作为，与《医疗事故处理办法》相比，明显在向法律与司法靠拢，并在很多方面弥补了医疗纠纷处理立法方面的空白，使医疗纠纷处理的规范趋于明确具体，并与基本法律趋于一致，改善了医疗纠纷处理立法不足的状况，也改善了医疗纠纷的行政处理与民事诉讼立法上的冲突。但《医疗事故处理条例》毕竟是行政法规，效力等级低于《民诉法》、《民法通则》，不能作为特别法优先适用，与上位法律的冲突仍然存在。
在医疗纠纷诉讼中是适用不太明确的《民法通则》、《民事诉讼法》还是适用效力较低的《医疗事故处理条例》，在司法实践中仍将无法统一。对于这个问题，最高人民法院《关于参照〈医疗事故处理条例〉审理医疗纠纷案件的通知》做了一些规定，但无法解决解决原本属于高位立法解决的问题。《通知》中规定的“参照”适用及“医疗事故以外的原因”排除适用，使《医疗事故处理条例》仍限于“医疗事故引起的”案件的“参照”适用。这里还面临一个怎样认定是不是“医疗事故引起的医疗赔偿纠纷”的问题，是依客观认定还是依主观认定，是依当事人的起诉认定还是依法院的实体审查认定。因此，《通知》并没有最终解决医疗纠纷诉讼的法律适用问题。
“医疗事故”本身是《条例》中的概念，是不是“医疗事故”只有适用《条例》才能认定，而根据《通知》精神，在认定“医疗事故引起的赔偿纠纷”之前是不能适用《条例》的。法院若要通过实质审查来决定是否适用《条例》就会面临一个矛盾，法院要适用《条例》来决定是否适用《条例》，这是不符合逻辑的，也不符合《通知》精神。看来是否参照适用《条例》，只能从形式上审查，看案件是否属于“医疗事故引起的赔偿纠纷”，也就是以当事人起诉是否以“医疗事故”为由来决定是否参照《条例》。这就意味着，在医疗纠纷诉讼中，当事人特别是原告可以通过是否以“医疗事故”为由来选择法律的适用。
从行政与司法矛盾的看，将来较长时期，医疗纠纷处理的法律适用还将是双轨制，一方面是行政法规，另一方面是基本法律，无论是程序还是实体，都存在两个系列，有时是一致的，有时是对立的，最终是糊涂的、随意的，有人从中受益，也有人因此受害，最终是使社会受损。
乐观一点看问题，在医疗纠纷的诉讼中，仍将是基本法律主导，这一点是无法从根本上动摇的。至于《条例》，有人“参照”它，也有人排斥它；有人利用它、有人回避它、有人曲解它。但它毕竟是一个进步的现实，毕竟是一个是可以发展的基础。《条例》毫无疑问会对医疗纠纷诉讼特别是医疗纠纷的协商调解，行政处理带来重大影响。
