由于中国的公立医疗机构产权不清晰、投入没保障、监管不到位、激励被扭曲、内部管理落后，已成为医疗体制改革中的“短板”，严重制约着公共卫生、医疗保障、药物供应保障三大体系的建设和完善，因此其改革也将是新一轮医改的重点之一。
国家深化医药卫生体制改革部际协调工作小组（下称部际小组）负责人认为，“新医改方案”“始终贯穿了坚持公共医疗卫生公益性主线”。目前，社会各界对“公益性原则”也无异议。但对如何实现“公共医疗卫生的公益性”，却仍然有巨大争议。
事实上，这一争议由来已久，在医改方案制定过程中反复讨论的“补供方还是补需方”、“政府主导还是市场主导”等问题，其实质都是公益性的路径之争。“新医改方案”对此问题采取了“折中处理”，以平衡来自不同方面的利益。
“新医改方案”一方面提出要“建立和完善医院法人治理结构，明确所有者和管理者的责权”。另一方面又提出要对“有条件的医院”开展“核定收支、以收抵支、超收上缴、差额补助、奖惩分明”等多种管理办法的试点。
学者认为，上述两种相互矛盾的表述，增加了“新医改方案”的模糊性，将使其在未来执行中遇到更多困难。
北京大学政府管理学院教授顾昕认为，“建立和完善医院法人治理结构，明确所有者和管理者的责权”，符合中共十七大提出的“管办分离”原则，是新医改方案中的“亮点”。但如果实行“核定收支、以收抵支、超收上缴、差额补助”的办法就不可能真正“管办分离”。因为这意味着卫生行政部门要加强对医疗机构的行政干预，通过政府的“有形之手”来配置医疗资源，以取代市场服务市场的竞争。
支持“行政干预”的观点认为，要实现“公共医疗卫生的公益性”，就应该“以维护公立医疗卫生机构公益性质为核心”。而政府对医院严格考核、直接补贴、控制药物使用就成为当然之举。
然而，支持“管办分离”的一方却有不同看法。北京大学光华管理学院卫生经济与管理学系主任刘国恩向《财经》记者表示，如果把医疗服务看作一种产品，那么产品是否具有公益性，和它的提供者——医院的产权是没有必然联系的。
在刘国恩看来，公立医院固然可以提供公益性质的服务，但非公立医疗机构同样可以提供。只要按照公共财政原则，加大对社会医疗保险的补贴，通过医保为患者买单，帮助患者获得服务，即可实现其服务的公益性。
刘国恩认为，“坚持以公立医院为主”的思路必然导致通过体制内的计划预算手段配置医疗资源。这不仅会抑制公立医院发挥积极性，也会因为缺乏合理、公平的竞争机会和平台，不利于提高私立医疗机构的积极性。
虽然“建立和完善医院法人治理结构”是新医改方案的一个亮点，但是如何实现这一亮点，“新医改方案”却并未给出明确答案。
“新医改方案”提出，要“建立和完善医院法人治理结构，明确所有者和管理者的责权，形成决策、执行、监督相互制衡，有责任、有激励、有约束、有竞争、有活力的机制”。官方承诺，这将在未来的医改配套文件中给予落实。
但上述部际小组负责人表示，由于公立医院改革涉及面广、难度大，在政事分开、管办分开、改革以药补医机制等难点问题上，“具体改革途径还有不同看法，还需要进一步试点探索”。
江苏卫生厅副厅长郭兴华也表示，“卫生改革是一个逐步探索、循序渐进的过程，要实事求是地确定有限目标”，否则“只能是欲速则不达”。
然而，在顾昕看来，建立公立医院的法人治理结构并不难。所谓法人化“管办分离”，是指公立医院与卫生行政部门脱离行政隶属关系，形成“理事会—管理人员—医务人员”的结构。
其中，理事会由医院的所有重要利益相关者代表（包括投资方、医护人员、消费者或公众、供货商等）组成，是法人治理的核心。医院的管理人员，尤其是院长，由理事会选聘并且向理事会负责。政府的不同部门则分别履行监督者和出资人的职责。
在这种制度环境下，医院可以独立决策，自我管理，参与公平竞争，如果配之以按人头、按病种付费的医保支付方式，医院自然会在降低医疗费用与提高服务效率之间寻得平衡。
据悉，中国目前已有一些地区实行了公立医院“管办分离”的试点。近年来，江苏省无锡市就从卫生局中抽调人马，组成医管中心，来实现对医院的管理，实现了“政事分离”，迈出了“管办分离”的第一步，最终还是要形成独立的法人治理结构。
新医改方案中提出，要对社区医疗机构探索实行“收支两条线”管理。而部分专家则对这一意见提出不同意见。
在卫生行政部门看来，收支两条线——医院将收入上缴政府，政府通过考核再下发给医院——斩断了医生和药物之间的利益联系，可以保证医疗机构的公益性。卫生部政策法规司的一位官员近日也曾表示，“收支两条线是一种比较成熟的财务管理手段”。
然而，顾昕认为，收支两条线不只是财务管理手段，更重要的是，它也是一种资源分配的手段。实行“收支两条线”后，医疗机构能获得哪些资源，都将由卫生行政部门来决定，实际上强化了卫生行政部门的行政干预。
大型医药流通企业——九州通集团公司副总经理牛正乾则表示，如果实行“收支两条线”，后果可能很糟糕。一方面，卫生行政部门掌握着考核医院、决定拨款的权力，会导致权力寻租与腐败；另一方面，医院院长则会把主要精力放在“讨好”政府官员上，而不是用心经营医院；医生的收入与付出不相关，也会降低医疗服务质量。最终受害的，还是患者。
复旦大学公共卫生学院教授胡善联分析说，希望“收支两条线”的医院都是比较穷、实力比较弱的医院，因为如此一来就能得到拨款，自然也会在服务效率上有所提升。但对那些本来就有特色、实力较雄厚的医院，“收支两条线”就难以推行。
事实上，在大型公立医院推行“超收上缴、差额补助”将困难重重。采访中，数位三甲医院的管理层也向《财经》记者坦言，要想让大医院把盈余的收入如实上缴给财政，并不现实，还不如引入竞争机制有效。
